Tranorna har anlänt

Såg årets första trana idag på vägen hem från jobbet.

Var rätt trött eftersom jag tidigare på dagen hade kört de 18 milen mellan Arjeplog, där jag jobbade i går eftermiddag och kväll, och mitt kontor i Älvsbyn. Men jag piggnade till lite när jag såg en trana stå och beta på den fortfarande ganska snötäckta åkern i Norra byn i utkanten av Älvsbyn.

Det är i sig rätt ironiskt att mitt jobb, som syftar till att minska miljöproblemen och motverka klimatuppvärmningen, involverar en rejäl dos resande. Men verkligheten är ofta väldigt långt från att vara rationell och logisk.

Och i Vistträsk har jag sett svanar varje gång jag har kört förbi den här veckan. Så flyttfåglarna håller definitivt på att anlända här uppe nu. Våren är äntligen på väg.

Asparna i april

Nu när snön har börjat smälta bort och stubbarna syns är det tydligt att de saknade träden har blivit nersågade. Och de verkar fortfarande hålla på att fälla träd. Jag hoppas bara att i alla fall några av asparna får stå kvar året ut så att jag kan slutföra det här trädföljarprojektet.

Now that the snow is melting and the tree stumps are visible it’s clear that the missing trees have been cut down. And the cutting seems to be ongoing still. I just hope that at least some of the aspens will be left standing until the end of the year so that I can complete this year’s tree following project.

De kvarvarande asparna har börjat blomma. Jag tycker det verkar vara hanhängen som håller på att slå ut. Aspar är skildkönade, det vill säga, träden är antingen hanträd eller honträd.

The remaining aspens are starting to flower. I think it looks like male flowers that are emerging. Aspens are dioecious, meaning that each tree is either male or female.

De trädstammar som ligger och väntar på att bli borttransporterade är inte resterna av de fällda asparna utan barrträd. Men i snittytan på vissa av dem kan man se fina exempel på hur kvistar och grenar bildas långt inne i stammen och tränger sig ut genom veden. Sådana pedagogiska exempel värmer i hjärtat eftersom de påminner mig om hur jag en gång i tiden undervisade universitetsstudenter i växtanatomi och växtfysiologi.

The stacked tree logs that are waiting to be removed are not the remains of the aspens but conifers. But on some of the cut surfaces you can see nice examples of how twigs and branches start out near the middle of the trunk and work their way out through the wood. Such pedagogical examples warm my heart since they remind me of how, many years ago, I used to teach university students plant anatomy and physiology.

Det märks att vägen vid asparna är skadad av tunga fordon vilket inte direkt förbättrar den redan ganska dåliga vägkvaliteten. En fördel med att de har rensat bland träden är i alla fall att älven syns bättre från vägen. Isen har inte gått än, men det är nog inte så många veckor kvar. Eftersom campingrestaurangen för närvarande håller stängt på helgerna kunde jag inte avsluta mitt trädspanande med en fika. Men kanske nästa gång…

It is clear that the road by the aspens has been damaged by heavy vehicles which doesn’t improve the already rather bad road quality. One good thing about the tree cutting is that at least now you can see the river much better from the road. The ice hasn’t broken yet but I’m guessing it will break in a few more weeks. Since the camping restaurant is currently closed during the weekends I couldn’t end my tree watching with a coffee and cake break. But maybe next time…

Fotona är tagna den 6 april 2019.

Im following a treeKolla även in andra trädföljare på The Squirrelbasket (internationellt).

Nya svenska trädarter

Plötsligt är svenska medier fyllda av en trädnyhet! När hände det senast?

Det som har gjort alla så uppjagade är att ett par nybildade svenska trädarter har hittats på Gotland. Att nya trädarter alldeles naturligt bildas i Sverige och etablerar sig är oerhört ovanligt. I detta fall rör det sig om hybrider mellan rönn (Sorbus aucuparia) och finnoxel (Sorbus hybrida). De nya hybridarterna har fått namnen bungerönn (Sorbus faohraei) och garderönn (Sorbus atrata). De har etablerat sig på varsin del av ön och förökar sig vegetativt.

Källor:
Sveriges radio: Nya trädarter upptäckta på Gotland
SVT: Två nya trädarter funna på Gotland

Vetenskaplig referens (endast sammanfattningen är fritt tillgänglig):
Levin m.fl. (2018) Multiple independent origins of intermediate species between Sorbus aucuparia and S. hybrida (Rosaceae) in the Baltic region. Nordic Journal of Botany 36 (12)

Trädsnack i radio


I det senaste avsnittet av SR:s Naturmorgon var Annelie Carlsbecker med och pratade om hur träd hanterar torka. Annelie jobbade på samma avdelning som mig på Uppsala universitet när jag en gång i tiden var doktorand. Riktigt kul att träd för en gångs skull får lite uppmärksamhet i radio. Det måste jag ju uppmärksamma. Inslagen med Annelie kommer utspritt vid flera tillfällen under programmet som du kan lyssna på i länken ovan.

Det känns också märkligt att inse att det har gått 8 år sedan jag disputerade. På en avhandling som mest handlade om just träd. Kan det verkligen vara så länge sedan? Men det är det. Och mitt liv ser helt annorlunda ut idag än det gjorde då.

Uppföljning: DNA-analys bekräftar det jag redan vet

Som uppföljning av resultatet av företaget Family Tree DNA:s analys myOrigins som jag tidigare skrivit om testade jag att göra liknande analyser med några av de olika beräkningsmetoder och referenspopulationer som finns att välja på hos Gedmatch. Enligt myOrigins är jag, som ni kanske kommer ihåg, 46 procent skandinav och 46 procent finländare och resten av min ”etnicitet” är öst- och sydösteuropé (5 respektive 4 procent).

Jag valde analysmetoder hos Gedmatch som jämför mitt DNA med DNA från nutida referenspopulationer i Europa och andra delar av världen. Den här gången valde jag bort analysmetoder som jämför mitt DNA med arkeologiska prover. Jag valde även bort analysmetoder som främst eller endast jämför mitt DNA med nutida människor från andra världsdelar än Europa samt metoder som endast fokuserar på att analysera judiska befolkningsgrupper. Allt tyder nämligen på att mina förfäder och förmödrar under det senaste årtusendet var européer, möjligen med viss asiatisk inblandning, och det finns inget som tyder på att jag har något judiskt påbrå. Analysmetoder som är specifikt designade för icke-européer eller för judar är därför opålitliga för analys av mitt DNA och troligen skulle ge resultat som är helt orelevant och inte stämmer.

Resultatet bekräftar i princip det jag redan känner till, nämligen att jag huvudsakligen härstammar från nordeuropéer. Analyserna är inte särskilt detaljerade, huvudsakligen för att det är mycket svårt att få ihop tillräckligt många och tillräckligt representativa prover från varje grupp om man försöker dela upp mänskligheten i för små populationer. Definitionen av en population är egentligen alla individer av en viss art som befinner sig inom ett visst område vid ett visst tillfälle, men människor har av någon anledning mycket svårt att tillämpa det biologiska populationsbegreppet på sin egen art. När olika mänskliga populationer i praktiken ska provtas och analyseras tenderar därför ordet population snarare att betyda alla personer som bor i, eller möjligen härstammar från, ett visst område eller kanske alla personer som är medborgare i ett visst land eller möjligen alla personer som är erkända medlemmar av en specifik befolkningsgrupp. Det kan därför vara ganska svårt att definiera vem som egentligen tillhör respektive inte tillhör en viss mänsklig population. Så mycket mer än att jag är nordeuropé, vilket jag ju redan visste, går därför egentligen inte att säga utifrån resultaten. Inga stora överraskningar med andra ord.

Den enda av analysmetoderna nedan som gör en mer detaljerad uppdelning som för min del kan direkt jämföras med resultatet från myOrigins är Eurogenes K36, som dock anger en betydligt längre andel (44 procent) för Fennoskandia (som inkluderar Norge, Sverige, Finland, Kolahalvön och Karelen) än vad myOrigins angav för Skandinavien+Finland tillsammans (92 procent). Sammantaget är dessa resultat en påminnelse om att DNA-analyser av ”etnisk sammansättning” ska tas med en rejäl nypa salt. Och ju mer detaljerade svar analysen påstår sig ge desto större nypa salt bör resultatet betraktas med.

Eurogenes K13 (13 referenspopulationer):
Baltic: 41,21%
North Atlantic: 39,97%
Western Mediterranean: 7,73%
Sibirian: 3,24%
Eastern Mediterranean: 2,15%
West Asian: 1,86%
Oceanian: 1,38%
South Asian: 1,04%

Eurogenes EUtest V2 K15 (15 referenspopulationer):
North Sea: 34,27%
Baltic: 20,76%
Atlantic: 19,52%
East European: 15,47%
Western Mediterranean: 4,80%
Siberian: 2,47%
Oceanian: 1,13%

Eurogenes K12 (12 referenspopulationer):
North Sea: 33,33%
South Baltic: 22,26%
West European: 19,99%
Volga-Ural: 14,59%
Mediterranean: 5,32%
Siberian: 2,74%

Eurogenes K36 (36 referenspopulationer):
Fennoscandian: 44,09%
North Atlantic: 11,29%
North Sea: 10,69%
East Central European: 9,68%
Eastern European: 9,59%
Italian: 7,67%
Central European: 3,09%
French: 1,86%

MDLP World (12 referenspopulationer):
North and East European: 51,49%
South and West European: 37,19%
Caucaus Parsia: 4,71%
North Asian: 3,63%
Middle East: 1,30%

Dodecad World9 (9 referenspopulationer):
Atlantic Baltic: 76,64%
Caucasus Gedrosia: 11,70%
Southern: 5,04%
Siberian: 4,56%

Resultat för populationer som är mindre än 1% visas inte.

Uppföljning: Mer än hälften jägare-samlare?

Som uppföljning av resultatet av företaget Family Tree DNA:s analys Ancient European Origins som jag tidigare skrivit om testade jag att göra liknande analyser med de analysmetoder och referenspopulationer som finns att välja på hos Gedmatch. Jag valde analysmetoder som jämför mitt DNA med arkeologiska prover (ancient DNA) från olika delar av världen istället för de som använder DNA från moderna människor i olika delar av världen som referenspopulationer.

Resultatet att mitt DNA är mer likt de tidiga jägare-samlarna (hunter-gatherer) än stenåldersbönderna (neolithic farmer) verkar hålla. Faktum är att dessa beräkningsmetoder konsekvent anger att jag till ännu högre andel härstammar från populationer som uttryckligen klassificeras som jägare-samlare (omkring 70 procent) än Ancient European Origins-analysen gjorde (51 procent).

När man jämför resultaten av de olika analysmetoderna märks betydelsen både av vad den som skapat metoden har använt för referensmaterial och hur den har klassificerat referensmaterialet och betydelsen av hur själva beräkningen utförs. Detta är anledningen till att ingen av analyserna ger ett exakt identiskt resultat trots att alla utgår från samma data, nämligen mitt autosomala DNA. Det är därför inte helt lätt att jämföra resultatet av analyserna.

MDLP K11 Modern:
West European Hunter-Gatherer (WHG): 43,77%
Eastern Hunter-Gatherer (EHG): 25,30%
Neolithic: 25,02%
Sibirian: 4,42%

Eurogenes Hunter_Gatherer vs. Farmer:
Baltic Hunter-Gatherer: 71,90%
Mediterranian Farmer: 19,10%
Anatolian Farmer: 3,44%
North Eurasian Hunter-Gatherer: 3,12%
Oceanian Hunter-Gatherer: 1,11%

Eurogenes_ANE K7:
Western Hunter-Gatherer/Unknown Hunter-Gatherer (WHG-UHG): 68,47%
Ancient North Eurasian (ANE): 17,97%
Early Neolithic Farmer (ENF): 6,73%
East Eurasian: 3,44%
Ancient/Ancestral South Eurasian (ASE): 2,21%

puntDNAL K10 Ancient:
West European Hunter-Gatherer (WHG): 49,90%
Caucasus Hunter-Gatherer (CHG): 22,21%
Early Neolithic Farmer (ENF): 19,51%
Ancient/Ancestral South Indian (ASI): 3,77%
Beringian: 1,79%
Siberian: 1,69%
Oceanian: 1,13%

puntDNAL K12 Ancient:
European Hunter-Gatherer: 47,11%
Anatolian Neolithic Farmer : 28,08%
Caucasus Hunter-Gatherer (CHG): 18,50%
Siberian: 1,98%
South Asian: 1,81%
Beringian: 1,46%
Oceanian: 1,06%

Ancient Eurasia K6:
West European Hunter-Gatherer: 45,35%
Natufian: 31,43%
Ancient North Eurasian (ANE): 18,69%
East Asian: 4,28%

Hur man gör
För att använda Gedmatch måste du först och främst ha beställt ett DNA-test för släktforskning som analyserar autosomalt DNA (Y-kromosom eller mtDNA kan inte användas) hos något av alla de företag som erbjuder detta och som tillåter att du laddar ner din DNA-sekvens som en fil till din egen dator (obs! låt bli att öppna eller packa upp filen utan låt den vara som den är när du laddar ner den). Skapa ett konto hos Gedmatch och ladda upp resultatfilen som du laddat ner från företaget. Följ instruktionerna på Gedmatch om vilken variant av de olika typerna av nedladdningsfiler du ska välja om företaget erbjuder flera olika. Du kommer ett tag efter att du laddat upp din DNA-fil att få ett Kit Number hos Gedmatch (som inte är samma kitnummer som du har hos företaget som sekvenserade ditt DNA) och kan då börja använda verktygen hos Gedmatch. Hos Gedmatch kan du först och främst jämföra ditt DNA med resultatet hos de som valt andra företag för sin DNA-analys än du själv gjorde vilket kan vara givande för din släktforskning. Det finns även möjlighet att ladda upp sitt släktträd så att andra kan se det om man vill. Dessutom finns där alla möjliga, mer eller mindre vetenskapliga, analyser man kan göra. Man kan bland annat se hur likt ens eget DNA är olika arkeologiska DNA-prover, räkna ut om dina föräldrar var släkt med varandra eller inte och räkna ut vilken ögonfärg du själv borde ha. De analysmetoder jag har använt här hittar du under Admixture (Heritage) där du först väljer metodtillverkare (=projekt) och kryssar för defaultalternativet Admixture Proportions (With link to Oracle). På nästa sida anger du ditt Gedmatch kit nummer och vilken av den tillverkarens beräkningsmodeller du vill använda för analysen. Strunta i rutan där det står att man kan ange sin etnicitet, tryck på continue och vänta sedan på resultatet. För vissa av analyserna ges en sammanfattning av vad resultatet betyder på resultatsidan, men inte för alla. Enbart andelar som överskrider 1% redovisas i graferna, och i mitt resultat ovan. En sammanfattning av skillnaderna mellan de olika metoderna och vad förkortningarna betyder finns här: http://genealogical-musings.blogspot.com/2017/04/finally-gedmatch-admixture-guide.html. I mitt resultat ovan har jag för tydlighetens skull skrivit ut vad förkortningarna står för. K i namnen på metoderna verkar normalt ange många referenspopulationer som används vid beräkningen.

DNA-analys bekräftar det jag redan vet

Förresten gör företaget Family Tree DNA förutom analysen Ancient European Origins även något som de kallar för en analys av min etniska sammansättning. Den analysen kallar de för myOrigins. Det innebär i praktiken att de jämför mitt autosomala DNA med 24 nutida referenspopulationer från olika delar av världen. Den här analysen är den som ska tas med störst nypa salt av alla. För det första redovisas inte beräkningarna för den här analysen heller. Jag har gjort liknande vetenskapliga analyser när jag jobbade som forskare i evolutionsbiologi och vet därför att vilken beräkningsmodell man använder kan ha stor påverkan på resultatet. För det andra har referenspopulationernas sammansättning också mycket stor påverkan på resultatet och det här företagets referenspopulationer är kända för att vara för små och inte tillräckligt representativa. För det tredje är det dumt av företaget att blanda in begreppet etnicitet i sammanhanget för etnicitet refererar till en gemensam kultur vilket inte alls per automatik innebär biologiskt släktskap. Dessutom motsvarar deras 24 referenspopulationer (se bilden ovan) ju inte ens faktiska etniska grupper.

Hur som helst stämmer resultatet i det här fallet huvudsakligen med vad jag redan vet från min släktforskning, nämligen att jag till största delen härstammar från människor i dagens Sverige och Finland. Enligt myOrigins är jag nämligen 46 procent skandinav och 46 procent finländare och resten av min ”etnicitet” är öst- och sydösteuropé. Någon öst- eller sydösteuropé har jag inte hittat bland mina förfäder och förmödrar i min släktforskning men att sådana borde har funnits är rimligt utifrån vad som är känt om hur olika grupper av människor har invandrat in i Europa under årtusendenas gång (och för den delen hur européer har farit runt och både krigat och handlat med varandra under historisk tid).

Däremot vet jag från min släktforskning att jag också har förfäder som för några hundra år sedan kom till nordeuropa från väst- och centraleuropa. De verkar inte vara representerade i resultatet från myOrigins. I och för sig är det inte nödvändigtvis ett helt orimligt resultat. Kom ihåg att hälften av det genetiska materialet går förlorat i överföringen från varje enskild förälder till varje barn så det tar inte så många generationer innan man är nere på bara några få procent av den ursprungliga arvsmassan från någon invandrande förfader eller förmoder. Och man ska inte heller glömma att även om den uppgivna fadern i kyrkböcker och andra dokument vanligen också var pappa till barnet så är dokumenterat faderskap inte i sig bevis på biologiskt faderskap.

Slutligen är det värt att påpeka att det faktiskt är omöjligt att ha 0 procent afrikanskt påbrå eftersom alla mänskliga släktlinjer börjar i Afrika om man går tillräckligt långt tillbaka. Vår art Homo sapiens uppstod nämligen i Afrika. Det vet vi redan från många års omfattande genetisk forskning. Visserligen har människan faktiskt förändrats (oavsett vad vissa oseriösa eller bara dåligt pålästa debattörer påstår) sedan vi lämnade Afrika men inte tillräckligt för att skapa någon ny människoart från Homo sapiens.

P.S. Till råga på allt verkar företaget inte kunna räkna för 46+46+5+4=101 procent. Avrundningsfel?

Mer än hälften jägare-samlare?

Jag har tidigare nämnt (se här och här) att jag förra året beställde en analys av både mitt autosomala DNA, för att identifiera släktingar, och mitt mitokondrieDNA, för att undersöka min raka mödralinjes ursprung, från företaget Family Tree DNA i USA som ett komplement till min släktforskning.

Ett kul resultat som företaget presenterar från sin analys av det autosomala DNA:t, utöver listan på andra personer som testat sig på samma företag och som baserat på likheter i DNA-sekvensen bedöms vara släktingar, är något som de kallar för Ancient European Origins. De har alltså räknat ut hur stor andel av DNA:t på mina kromosomer som kommer från den ursprungliga jägare-samlar-befolkningen i Europa under istiden och den tidiga stenåldern, hur stor andel som kommer från de första bönderna som invandrade till Europa från Mellanöstern på stenåldern, hur stor andel som kommer från den invandrarvåg som kom österifrån under bronsåldern och som ofta förknippas med införandet av de indoeuropeiska språken till Europa och så hur stor andel som kommer från icke-européer (den delen gissar jag ska betraktas som ”övrigt”).

Nu ska det sägas att dessa resultat ska tas med en stor nypa salt för det framgår ingenstans hur de räknat ut det här och vad de egentligen jämför med som referens för de olika grupperna. Och även om beräkningarna är bra gjorda med representativt referensdata så är det inte säkert att ens en nära släkting skulle få samma resultat på grund av rent slumpmässiga skillnader som beror på att varje person bara ärver hälften av det autosomala DNA:t från vardera förälder. Dessutom är det rätt konstigt att ett amerikanskt företag endast inkluderar en analys av de viktigaste ursprungliga invandrargrupperna i Europa och ingen annan del av världen, inte ens någon av de tidiga invandrargrupperna på deras egen kontinent är inkluderad. Men det är ändå en kul grej.

Enligt Family Tree DNA härstammar mina kromosomer till drygt hälften från jägare-samlare, till knappt en tredjedel från de tidiga bönderna, till 15 procent från bronsåldersinvandrarna och bara till ynkliga 3 procent från icke-européer. Jag är alltså tydligen en riktig ureuropé.

Jag vill kunna blunda med öronen

Att människan skulle vara skapelsens, eller evolutionens, krona har du nog hört förr. Struntprat!

Om människokroppen vore perfekt designad av en skicklig designer skulle vi kunna blunda med öronen precis som vi kan blunda med ögonen. Men det kan vi inte.

Den som vill blunda för ljud måste släpa med sig verktyg som öronproppar eller hörselkåpor. De är varken diskreta, bekväma eller praktiska.