Böcker får min plånbok att svälla

Jag lånar massor av böcker på biblioteket. Dessutom behöver jag tillgång till universitetsbibliotekets forskningslitteratur. Problemet är att biblioteket inte är ett bibliotek utan flera olika, och alla envisas med att ha sitt eget lånekort. Resultatet är att min plånbok är proppfull med bibliotekskort. Hela åtta stycken lånekort behöver jag för att täcka in de bibliotek jag oftast brukar använda. Varför måste alla bibliotek ha sitt eget kort? Vad är de för fel på ett gemensamt kort? Man kan ju registrera kortet på de bibliotek man använder om det nu ska vara nödvändigt.

Just nu har jag lånekort på:

  • Uppsala stadsbibliotek
  • Stockholms stadsbibliotek
  • Bodens stadsbibliotek
  • Uppsala universitetsbibliotek
  • SLU-biblioteken
  • KTH-biblioteket
  • Stockholms universitetsbibliotek

På Stockholms universitetsbibliotek räcker det inte ens med ett lånekort. Där har jag varit tvungen att skaffa två olika lånekort – ett som KTH-forskare och ett som SU-student.

Vad forskare är – enligt Google

Google vill så gärna hjälpa till. När man börjar skriva något i sökfältet så ger söktjänsten därför lite olika förslag på fortsättningar som den tycker passar. Tydligen har Google kommit fram till att engelskspråkiga människor vanligen tycker att forskare är ondskefulla, lögnaktiga och dumma ateister för om man skriver ”scientists are” så kommer följande förslag upp:

scientists are

Skriver du istället ”forskare är” så verkar Google bli en aning förvirrad. Betraktar svenskar forskning som en kvinnofälla? Och vem fasen söker på ”forskare kvinnor är mer lika apor än män” (som meningen fortsatte när jag klickade på den)?

Forskare är

DNA-sekvenseringens fader är död

CGCATTCCG TTTCGCGAAGAT AGCGCGAACGGCGAACGC

Jag vet att man måste vara molekylärbiolog för att fatta skämtet hyllningen ovan, men jag kan bara inte låta bli. Tack Ed Yong för idén. (tips: genetiska koden)

Det är en sista hälsning till Fred Sanger, vinnare av två Nobelpris och en pionjär inom DNA-sekvensering, som har avlidit vid 95 års ålder.

Forskarvärlden överrumplades av sviket löfte

När den amerikanska kongressen nyligen lyckades driva igenom den mindre lysande idén att tillfälligt lägga ner den amerikanska staten uppstod en del oväntade bieffekter för världens forskare.

Forskning är nästan alltid en internationell aktivitet. Numera är forskning också en IT-baserad aktivitet. All information som forskarna genererar samlas nämligen i allmänna databaser och dessa utgör sedan grunden för ytterligare forskning. Fördelen med detta system är att vem som helst kan komma åt informationen och använda den. Problemet är att någon måste ansvara för att underhålla och uppdatera databaserna. Vem har den stabilitet och de ekonomiska resurser som krävs för att kunna garantera att informationen fortsätter att finnas tillgänglig även i framtiden? Svaret på den frågan brukar vara den amerikanska staten.

National Center for Biotechnology Information (NCBI) är en del av den amerikanska sjukvårdsmyndigheten National Institutes of Health. NCBI driver många av de absolut viktigaste databaserna inom den biovetenskapliga forskningen. Dessa databaser inkluderar GenBank som innehåller alla kända gensekvenser i alla kända organismer och PubMed som är världens främsta litteraturdatabas för biomedicinsk och molekylärbiologisk litteratur.

När den amerikanska staten nyligen lade ner verksamheten upphörde plötsligt underhållet av dessa och andra vetenskapliga databaser. Vetenskap är nämligen inte nödvändigt och ska därför inte prioriteras tycker den amerikanska staten. Nu varade uppehållet bara en kort period så konsekvenserna blev inte så allvarliga, men vad händer nästa gång den amerikanska staten får ekonomiska problem?

”To avoid lapsing into another dark age of research, the ongoing maintenance of PubMed must be guaranteed. We urge the scientific community to push for PubMed to be entirely supported and commissioned by an international forum.”

Citatet ovan kommer från det senaste numret av Nature där ett par australiensiska forskare argumenterar för att PubMed är för viktig för att riskeras och därför borde skötas av ett internationellt forum istället för av de opålitliga amerikanerna. Det låter lockande, men det framgår inte vem som då ska ha huvudansvaret för databasen. Det är tyvärr vanligt att underhållet av vetenskapliga databaser rinner ut i sanden efter några år om det inte finns någon som permanent har huvudansvaret. Och det vore ju ingen förbättring.

Eftersom det för tillfället inte finns några andra realistiska alternativ så lär den amerikanska staten fortsätta att driva dessa databaser ett bra tag till, trots att den bevisligen inte ens klarar av att driva sig själv. Forskarna får helt enkelt ha tålamod och hoppas på det bästa.

P.S. Det är en hisnande tanke att för bara några decennier sedan kunde de flesta forskare utföra sitt jobb hur bra som helst utan att ha tillgång till en enda databas eller ens en enda dator. Världen är konstig och blir bara konstigare för varje år som går…

En gen för ett underbart liv?

Växtforskare måste gilla att läsa sagor för det finns backtravsgener med namn som HOBBIT och ELF. Faktum är att det finns många gener i backtrav som heter ELF, och de brukar därför ha ett nummer efter namnet för att skilja dem åt. När jag letade efter en av dessa ELF-gener i backtravsdatabasen hittade jag istället en gen med ett ännu häftigare namn: PRIORITY IN SWEET LIFE 1. Översatt till svenska skulle det väl bli något i stil med första prioritet i ett härligt liv.

Samma gen har också ett par andra namn, nämligen de betydligt torrare och tråkigare EMS-MUTAGENIZED BRI1 SUPPRESSOR 2 och CALRETICULIN 3EMS-MUTAGENIZED BRI1 SUPPRESSOR 2 måste ursprungligen vara ett mutantnamn för EMS är en kemikalie som används för att skapa slumpmässiga mutationer i växters arvsmassor. CALRETICULIN är ett calciumbindande protein, så det sista namnet är egentligen det namn som ger mest information om vilken sorts gen detta är.

Det jag är nyfiken på är vem som döpte genen till PRIORITY IN SWEET LIFE 1 och varför de valde just det namnet, men detta hittade jag ingen information om på genens hemsida. När ordet sweet (söt) dyker upp i ett gennamn brukar det betyda att genen i fråga är inblandad i sockermetabolismen, men jag hittar inget som tyder på att PRIORITY IN SWEET LIFE 1 har något med socker att göra. Mycket mystiskt…

DNAquiri – en nördig drink

För den som gillar att testa nya och bisarra drinkar finns DNAquiri. Denna cocktail blandas genom att man använder ananasjuice (som inte får vara värmebehandlad) och sprit (som måste innehålla minst 75% etanol) för att extrahera och fälla ut DNA från frysta jordgubbar. Sedan dricker man sin cocktail.

Rebecca Helm rapporterar på bloggen Deep Sea News att hon testade drinken på en nördig tjejkväll. De prövade att använda både jordgubbar och persikor som utgångsmaterial, och de verkar ha haft väldigt roligt när de tillverkade sina drinkar. Tyvärr var tydligen själva drinkarna inte någon större smaksensation. Hon passade också på att ta med lite av det utfällda DNA:t till jobbet för att kollegorna skulle få provsmaka. Alla där tyckte tydligen att DNA-klumparna smakade ungefär som själva frukten. DNA verkar alltså inte ha någon särskilt stark egen smak.

Att DNA i sig är rätt smaklöst är väl inte så förvånande, men man kan ju inte veta säkert om man inte smakar på rent DNA, vilket inte är vad man får fram med ovanstående metod. Själv gillar jag överhuvudtaget inte alkohol, så denna drink är nog inget för mig. Jag äter hellre både jordgubbarna och persikorna som de är, inklusive deras DNA.

Vilket är ditt favoritgennamn?

Mitt favoritgennamn är TIME FOR COFFEE. Denna gen är inblandad i att ställa backtravens inre klocka så att växtens dygnsrytm följer det verkliga dygnet. TIME FOR COFFEE påverkar dygnsrytmen under den senare delen av natten. Namnet syftar på att detta är en tid på dygnet då människor vanligen behöver kaffe för att kunna göra någonting överhuvudtaget. När man studerar dygnsrytmer är man ofta tvungen att vara på labbet dygnet runt för att ta prover, så jag misstänker att citatet nedan var baserat på personlig erfarenhet.

”We located TIC function to the mid to late subjective night, a phase at which any human activity often requires coffee”*

Det finns en lång tradition bland växtgenetiker att döpa mutanta växter till något som anspelar på mutantens avvikande utseende. Namnet får gärna vara komiskt eller anspela på något som alla antas känna till. En backtravsmutant vars blommor har extra många ståndare på bekostnad av pistillen (eller snarare karpellerna i pistillen) kallas till exempel superman. Superman är ju det engelska namnet på Stålmannen.

När den molekylära genetiken slog igenom inom växtbiologin för ca 20-25 år sedan kunde forskarna för första gången identifiera de muterade gener som orsakade avvikelserna hos växtmutanterna. Plötsligt hade gener gått från att vara ett abstrakt, statistiskt begrepp till att vara något fysiskt som fanns på riktigt. Något som finns på riktigt behöver ett namn, så dessa gener fick ärva namnet från mutanterna. Mutanten superman har alltså en mutation i genen SUPERMAN.

Det finns vissa komplikationer, men i princip fungerar detta namngivningssystem ganska bra. I alla fall efter att man införde skrivregler för att undvika den förvirring som kan uppstå när olika saker har samma namn. I de flesta (men inte alla) växtarter skrivs numera gennamn med kursiverade stora bokstäver, proteinnamn med icke-kursiverade stora bokstäver och mutantnamn med kursiverade små bokstäver.

*Citatet kommer från Anthony Hall m.fl. (2003) The TIME FOR COFFEE Gene Maintains the Amplitude and Timing of Arabidopsis Circadian Clocks. The Plant Cell 15(11): 2719-2729. TIC är den officiella förkortningen av TIME FOR COFFEE. Forskare har ofta ett starkt behov av att hitta på förkortningar för allting, oavsett om det behövs eller inte.

Att fotografera riktigt små detaljer

Makroobjektiv ger bra närbilder, men vill man ha riktigt ordentlig förstoring behöver man koppla kameran till ett mikroskop istället för ett objektiv. Här är ett par exempel på mikroskopfoton av genaktivitet i en ung grankotte som jag tog när jag var doktorand. Dessa foton är tagna med en Hamamatsukamera monterad på ett Leica Leitz DMRXE-mikroskop.

Kotten är uppskuren i 7 mikrometer tjocka snitt och märkt med en radioaktiv sond som anger var just denna gen är aktiv (det är det som lyser gyllengult på den undre bilden). Radioaktiviteten från sonden fångas på fotografisk emulsion, som sedan framkallas på sedvanligt sätt, så jag tillbringade rätt mycket tid i mörkrum som doktorand…

ErikaGrothGrankotteÄldreLjusfältErikaGrothGrankotteÄldreMörkfält

Som doktorand använde jag ibland även elektronmikroskop för att avbilda riktigt små detaljer av växters yta. Jag har letat igenom mina gamla filer för att försöka hitta några bilder av kottar tagna med elektronmikroskopet, men jag verkar tyvärr inte ha kvar några sådana bilder.

I fjällen för att prata om barrträd. Del 2: Fjällen

Eftersom det är dagsljus dygnet runt tillbringade jag och andra kvällar och ibland nätter med att vandra i fjällen vid hotellet. Fotot är taget vid 11-tiden på kvällen.
Foto av mig taget vid 11-tiden på kvällen. Fotograf: Henrik Aspeborg (med min kamera)

Det var som sagt inget vidare väder när vi var i Björkliden. Jag försökte ta lite snygga bilder på Lapporten, som jag kunde se från hotellrummet, men den var täckt av låga moln nästan hela tiden. Lyckades i alla fall få några hyggliga foton. Eftersom det är midnattssol nu i norra Norrbotten är det dagsljus även på kvällar och nätter. De flesta av konferensdeltagarna tyckte att midnattssolen var spännande, men för vissa svalnade entusiasmen när de fick problem med att sova. Hotellet hade rejält tjocka gardiner i fönstren, vilket gjorde rummen rätt mörka, men det räckte inte för alla.

Lapporten
Lapporten
Smörboll (Trollius europaeus)
Smörboll (Trollius europaeus)

Jag och andra drog fördel av ljuset och tillbringade en del tid sent på kvällarna med att vandra i fjällen. Mycket blommor hade redan slagit ut, och jag såg några fina vattenfall. Tyvärr var de fjällbjörkar som fanns i området huvudsakligen kala, efter att ha fått bladen uppätna av björkmätarlarver. Det är nu andra året i rad som det är utbrott av björkmätarlarver uppe i Björklidenområdet, och det gör att fjällbjörkarna ser kala och döda ut. De kala grenarna utan löv gjorde utsikten mycket tråkigare.

Björkmätarlarver äter upp fjällbjörkarnas blad.
Björkmätarlarver äter upp fjällbjörkarnas blad.
Björkar som attackerats av björkmätarlarver står bredvid de som fortfarande har löv.
Björkar som attackerats av björkmätarlarver står bredvid de som fortfarande har löv.
Vattenfall. Uppe i bergen fanns det fortfarande kvar en del snö.
Vattenfall. Uppe i bergen fanns det fortfarande kvar en del snö.

Sista natten skulle gruppen gå en guidad ”midnattssolsvandring” upp på fjället. Idén var inte så tokig, men solen envisades tyvärr med att gömma sig bakom molnen. Dessutom blåste det rejält kallt när vi kom upp på kullarna, och efter allt regnande var stigen snarare ett träsk på flera ställen. Trots detta dök många av deltagarna upp i kläder (och skor) som hade passat bättre för en shoppingrunda på stan än för att vandra i fjällen. Fjällen är trots allt fjällen, även om detta bara var en kort promenad på några kilometer. Dessa människors reaktioner när de, lite för sent, insåg sitt misstag var nog det roligaste på hela resan (ja, ja, jag vet att det är lite taskigt av mig, men det var verkligen komiskt).

Fjällbäck
Fjällbäck
Visst ser stenen ut lite som en groda?
Visst ser stenarna ut som en groda?