Det var som sagt inget vidare väder när vi var i Björkliden. Jag försökte ta lite snygga bilder på Lapporten, som jag kunde se från hotellrummet, men den var täckt av låga moln nästan hela tiden. Lyckades i alla fall få några hyggliga foton. Eftersom det är midnattssol nu i norra Norrbotten är det dagsljus även på kvällar och nätter. De flesta av konferensdeltagarna tyckte att midnattssolen var spännande, men för vissa svalnade entusiasmen när de fick problem med att sova. Hotellet hade rejält tjocka gardiner i fönstren, vilket gjorde rummen rätt mörka, men det räckte inte för alla.
Jag och andra drog fördel av ljuset och tillbringade en del tid sent på kvällarna med att vandra i fjällen. Mycket blommor hade redan slagit ut, och jag såg några fina vattenfall. Tyvärr var de fjällbjörkar som fanns i området huvudsakligen kala, efter att ha fått bladen uppätna av björkmätarlarver. Det är nu andra året i rad som det är utbrott av björkmätarlarver uppe i Björklidenområdet, och det gör att fjällbjörkarna ser kala och döda ut. De kala grenarna utan löv gjorde utsikten mycket tråkigare.
Sista natten skulle gruppen gå en guidad ”midnattssolsvandring” upp på fjället. Idén var inte så tokig, men solen envisades tyvärr med att gömma sig bakom molnen. Dessutom blåste det rejält kallt när vi kom upp på kullarna, och efter allt regnande var stigen snarare ett träsk på flera ställen. Trots detta dök många av deltagarna upp i kläder (och skor) som hade passat bättre för en shoppingrunda på stan än för att vandra i fjällen. Fjällen är trots allt fjällen, även om detta bara var en kort promenad på några kilometer. Dessa människors reaktioner när de, lite för sent, insåg sitt misstag var nog det roligaste på hela resan (ja, ja, jag vet att det är lite taskigt av mig, men det var verkligen komiskt).
Ibland har man helt enkelt otur. Det har varit fantastiskt väder i Björkliden ett bra tag nu och väderleksrapporterna lovar fortsatt fantastiskt väder. Enda undantaget var helgen som var, d.v.s. när jag var där. Vi var drygt 50 forskare av flera olika nationaliteter som hade rest till Björkliden för att diskutera sekvenseringen av barrträdens arvsmassor och hur dessa data kan användas för forskning och för praktiskt skogsbruk. Huvuddelen av deltagarna var på ett eller annat sätt inblandade i antingen det svenska eller det kanadensiska grangenomprojektet. Tanken var att det amerikanska tallgenomprojektet också skulle delta, men med något enstaka undantag så backade de ur i sista stund.
Förutom folk från de två stora grangenomprojekten var också ganska många potentiella användare av informationen där, inklusive jag. Där fanns också representanter från mindre projekt som, med betydligt mindre budgetar, arbetar med att sekvensera och analysera andra barrträds arvsmassor. Några specialister på förädling var också där, men inga representanter från skogsindustrin.
Den främsta slutsatsen från konferensen var ungefär vad vad jag hade förväntat mig, nämligen att kvaliteten på de grangenomversioner som nu släppts är, rent ut sagt, usel. Dessa genomsekvenser kommer att bli viktiga resurser i framtiden, när de hunnit bli mer genomarbetade och kvaliteten har kontrollerats, men detta ligger ännu flera år in i framtiden. Det räcker nämligen inte med att bara läsa av granens DNA. Det kan göras snabbt och enkelt med dagens teknik, även för stora och komplicerade arvsmassor som barrträdens.
Problemet är att när man avläser DNA består resultatet i praktiken av små ”textsnuttar”, där ”texten” ifråga är skriven med ett alfabet som bara innehåller fyra bokstäver: A, T, C och G. Bokstäverna, som kallas för nukleotider eller baser, är förkortningar för molekylerna adenin, tymidin, guanin och cytosin. Man kan likna DNA vid en instruktionsbok som cellerna i en kropp använder för att de ska veta vad de ska göra och hur de ska göra det.
Med den teknik som genomprojekten använder är dessa ”textsnuttar” för det mesta några hundra nukleotider långa. Arvsmassan hos gran består av ungefär 20 miljarder sådana nukleotider. Småsnuttarna måste alltså pusslas ihop till en sammanhängande sekvens, vilket kallas för en genome assembly (ett sammansatt genom). Detta är ett enormt arbete som kräver en ofantlig datakraft, och för grangenomen har uppgiften hittills visat sig vara omöjlig.
Bioinformatikerna, d.v.s. dataprogrammerarna, som jobbar med detta har hittills lyckats pussla ihop större enheter på några tusen nukleotider, i vissa fall mer än tiotusen. Har man tur lyckas de ibland få med sekvensen för en hel gen i en enda sammanhängande enhet, men det är långt kvar till de miljarder av sammanhängande nukleotider som behövs för att man ska kunna prata om en ”riktig genomsekvens”.
Att pussla ihop genomet är inte ens den svåraste uppgiften. Det är först när man har en sammanhängande sekvens som det verkliga jobbet börjar. Då kan forskarna på allvar börja leta igenom sekvensen, försöka hitta t.ex. gener och markera vad som är vad. Detta, som kallas annotering, är i praktiken ett evighetsarbete, eftersom det alltid går att förbättra annoteringen av en genomsekvens.
Jämförande analyser av barrträdens arvsmassor baserat på dessa tidiga data bör alltså tas med en rejäl nypa salt, vilket inte verkar hindra folk från att kasta sig in i att göra just denna typ av analyser. Det är bättre att vänta på genomsekvenser av bättre kvalitet. Vi blev på konferensen lovade att nästa version av grangenomet kommer redan i höst, och den kommer att vara bättre. Lite oklart hur mycket bättre, men åtminstone bättre än den nuvarande. Så det är värt att leta lite i den nuvarande sekvensen, men man ska akta sig för att dra några slutsatser av vad man hittar där. Som så ofta annars gäller regeln skräp in, skräp ut även i detta fall.
Trots problemen med de nuvarande genomsekvenserna var det riktigt trevligt att tillbringa några dagar med att diskutera barrträd med andra som också är intresserade av dem. Sverige är visserligen ett land där skogsindustrin är väldigt viktig för ekonomin, men det innebär inte att jag brukar träffa särskilt många människor som är intresserade av träd.
Ska inom kort till Björkliden för att delta i en vetenskaplig konferens om barrträdens arvsmassor. Vid den här tiden på året kan Björkliden innebära allt från vinterväder och skidåkning till sommar, sol och bad. Följer därför med viss spänning vårens inträde där uppe via hotellets webbkamera för att försöka lista ut om jag bör packa sommarkläder, vårkläder eller vinterkläder. För en månad sedan var det fortfarande snö överallt, men sedan dess har snösmältningen gått snabbt. Nu verkar snön huvudsakligen vara borta, och det grönskar för fullt. Ganska lovande alltså…
Björkliden ligger vid den enda väg som finns i denna del av Sverige. Vägen följer i princip den mycket äldre malmbanan mellan Kiruna och Narvik. Senast jag besökte Björkliden var för nio år sedan när jag tillbringade en extremt regnig sommar med att studera botanik i Abisko. Då fastnade jag i området när en vägbro mellan Abisko och Kiruna spolades bort av det forsande vattnet. Eftersom de flesta i Abisko hade bil, och varken ville överge bilen eller köra en gigantisk omväg via Norge, så var det ganska mycket folk som blev kvar betydligt längre än de hade tänkt sig på fjällstationen i Abisko i väntan på att bron skulle byggas upp igen. Omständigheterna gjorde faktiskt att folk var öppnare och trevligare mot varandra än vad turister brukar vara, men vi får ändå hoppas att det går bättre denna gång.