Min artikel har kommit ut

Nu är min journalistiska artikel om åldrandets evolution tillgänglig på Gaudeamus hemsida och papperstidningen kommer ut i veckan.

Min artikel handlar om att en internationell forskargrupp har upptäckt att det inte finns något universellt mönster för åldrande. Det finns till exempel arter där sannolikheten att dö inom den närmaste tiden inte påverkas alls eller till och med minskar när de blir gamla, tvärtemot hur det fungerar i människor. Forskarna hade jämfört hur dödlighet och fertilitet varierar med åldern hos människor och flera olika arter av djur, växter och alger. Forskningsstudien publicerades nyligen i Nature med titeln ”Diversity of ageing across the tree of life”.

Och jag kan konstatera att jag fortfarande älskar att se mitt namn på författarraden!

DNA-sekvenseringens fader är död

CGCATTCCG TTTCGCGAAGAT AGCGCGAACGGCGAACGC

Jag vet att man måste vara molekylärbiolog för att fatta skämtet hyllningen ovan, men jag kan bara inte låta bli. Tack Ed Yong för idén. (tips: genetiska koden)

Det är en sista hälsning till Fred Sanger, vinnare av två Nobelpris och en pionjär inom DNA-sekvensering, som har avlidit vid 95 års ålder.

En gen för ett underbart liv?

Växtforskare måste gilla att läsa sagor för det finns backtravsgener med namn som HOBBIT och ELF. Faktum är att det finns många gener i backtrav som heter ELF, och de brukar därför ha ett nummer efter namnet för att skilja dem åt. När jag letade efter en av dessa ELF-gener i backtravsdatabasen hittade jag istället en gen med ett ännu häftigare namn: PRIORITY IN SWEET LIFE 1. Översatt till svenska skulle det väl bli något i stil med första prioritet i ett härligt liv.

Samma gen har också ett par andra namn, nämligen de betydligt torrare och tråkigare EMS-MUTAGENIZED BRI1 SUPPRESSOR 2 och CALRETICULIN 3EMS-MUTAGENIZED BRI1 SUPPRESSOR 2 måste ursprungligen vara ett mutantnamn för EMS är en kemikalie som används för att skapa slumpmässiga mutationer i växters arvsmassor. CALRETICULIN är ett calciumbindande protein, så det sista namnet är egentligen det namn som ger mest information om vilken sorts gen detta är.

Det jag är nyfiken på är vem som döpte genen till PRIORITY IN SWEET LIFE 1 och varför de valde just det namnet, men detta hittade jag ingen information om på genens hemsida. När ordet sweet (söt) dyker upp i ett gennamn brukar det betyda att genen i fråga är inblandad i sockermetabolismen, men jag hittar inget som tyder på att PRIORITY IN SWEET LIFE 1 har något med socker att göra. Mycket mystiskt…

Ny organell hittad som tillverkar garvämnen

Eukaryota celler är inte homogena. De innehåller en massa olika separata delar som var och en har sin egen funktion. Dessa enheter fungerar ungefär som en sorts miniorgan och kallas därför för organeller. Nu har en grupp forskare hittat en ny sorts organell som de döpt till tannosomen. Denna upptäckt är i grund och botten resultatet av att forskarna på klassiskt biologmaner använt ett mikroskop för att titta på växtceller i hög förstoring, även om de i detta fallet inte använde ett enkelt ljusmikroskop utan ett antal mer avancerade och betydligt dyrare mikroskoperingstekniker.

Tannosomer bildas inuti kloroplasterna genom att små bubblor avknoppas från tylakoidmembranerna. Tylakoidmembranerna är mest kända för att det är här som fotosyntesens ljusreaktion sker. Inuti dessa små bubblor, som bara är några tiotals nanometer stora, bildas tanniner. Detta är naturligtvis anledningen till att bubblorna kallas tannosomer. Tanniner är garvämnen. Namnet kommer av att de används för att garva läder, men deras viktigaste uppgift i naturen är att ge växter en otrevlig smak som skyddar dem mot betande djur.

Tannosomerna i sin tur avkoppas gruppvis från kloroplasterna i s.k. skyttlar. Skyttlarna skapas genom att utbuktningar i kloroplasternas membran avsnörs till små påsar. Varje påse, som är någon mikrometer i diameter, är proppfull med små tannosomer. Skyttlarna färdas genom cellens cytoplasma till vakuolen där de tas upp. Återigen sker det alltså en sorts avknoppning, men denna gång inåt mot insidan av vakuolens membran. Resultatet är att varje påse kommer att täckas av ytterligare ett påslager som skapas av vakuolens membran.

Vakuolen är en stor, vätskefylld organell som fyller ut växtcellernas volym och även fungerar som förvaringsplats för diverse olika molekyler. Dessutom bryts vissa oönskade molekyler ner i vakuolen. Det är alltså vakuolen som är slutmålet för tanninerna, men när de väl kommer fram är de mycket väl förpackade. Hela tre lager membran skiljer dem från det övriga innehållet i vakuolen. Det innersta lagret kommer alltså från tylakoidmembranet, det mittersta lagret från kloroplastmembranet och det yttersta lagret från vakuolmembranet.

Tidigare så trodde man att tanniner bildades i det endoplasmatiska nätverket, vilket är en annan sorts organell där ett flertal olika typer av komplexa molekyler byggs upp. Upptäckten att tanniner istället bildas i tannosomer är ett bra exempel på att vi egentligen bara har börjat skrapa på ytan av vad som finns att upptäcka i naturen. Mycket av det som kallas etablerad kunskap i läroböckerna visar sig vid närmare granskning bara vara mer eller mindre kvalificerade gissningar. Det finns massor kvar att göra för framtidens forskare bara när det gäller att kontrollera vilka av läroböckernas påståenden som verkligen är sanna och vilka som inte är det.

Exempelvis har vi ju den uppenbara följdfrågan till denna nya upptäckt: hur kommer de byggstenar som tanninerna byggs upp av och de enzymer som sköter själva byggandet egentligen in i tylakoiderna till att börja med?

Referens: Jean-Marc Brillouet m.fl. (2013) The tannosome is an organelle forming condensed tannins in the chlorophyllous organs of Tracheophyta. Annals of Botany 112(6): 1003-1014

Blodsugare eller vegetarian?

ErikaGroth201308mygganMycket mygg i skogen nu. Det är i och för sig bara honorna som suger blod. Det behövs nämligen en näringsrik kost för att kunna lägga ägg. Hanarna har inte lika stora näringsbehov så de äter enbart vegetarisk kost i form av nektar och andra växtsafter. Men båda är ändå lika irriterande när de surrar runt huvudet på en.

Det ser ut som att denna mygga försöker komma åt växtsaften i kvisten. Den hängde nämligen kvar där ett bra tag. I träd sitter floemet strax under barken. Floemet är den del av kärlväxternas ledningsvävnad som transporterar socker och andra näringsämnen. Här finns det alltså mat att hämta om man är en hanmygga.

Huvuddelen av det vatten som rötterna suger upp transporteras istället av de betydligt större och stabilare xylemcellerna. Trädens ved består till största delen av döda xylemceller med kraftigt förstärkta cellväggar. Det är faktiskt bara de yttersta vedlagren som består av levande celler.

För människor som vill ha billig näringsrik mat rekommenderar jag blodplättar med lingonsylt. Blodmat är faktiskt extra bra mat just för kvinnor eftersom det innehåller lättillgängligt järn. Receptet nedan kommer från Stora Kokboken (Wezäta förlag, tryckt 1955). Själv brukar jag försöka återskapa min farmors blodplättar, vilka definitivt inte innehöll lök eller mejram och knappast heller ingefära.

Blodplättar  4 port.

1 dl siktat stötbröd
2 dl mjölk
2,5 dl svinblod
1 msk sirap
1 msk smält smör
1 tsk salt
1 knivsudd vitpeppar
1 knivsudd ingefära
1/4 tsk finstött mejram
1 finhackad rödlök

Lägg stötbrödet i mjölken att svälla 1 tim. Sila blodet och vispa ner det i brödmassan. Sätt till sirap, smör och kryddor jämte den frästa löken. Rör om smeten väl. Hetta upp plättläggen långsamt och smörj den med smör. Häll i ett lager smet och grädda plättarna på båda sidor över svag värme. Vispa då och då i smeten, så att inte stötbrödet sjunker till botten. Lägg upp plättarna på ett varmt fat och servera dem genast med smält smör och lingon- eller tranbärssylt. Variation: Byt ut stötbrödet mot 2,5 dl grovt rågmjöl eller grahamsmjöl.

Blommor som låtsas vara en blomma

ErikaGroth201308blommorirabattenDrömlikt vackert. Det är egentligen inte en blomma, utan en blomställning med massor av pyttesmå blommor. Bilden ser väldigt redigerad ut, men det är den inte. Jag har bara gjort mindre justeringar av ljusstyrkan och färgerna med nivåfunktionen i GIMP (samma sak som levels i Photoshop CS) och förminskat bilden.

Som du ser består denna blomställning av olika sorters blommor. De yttre blommorna har stora vita kronblad, men inte de inre. Vilken sorts blommor som bildas på olika platser i blomställningen avgörs av vilka gener som är aktiva på just den platsen när det lilla blomanlaget bildas. Genom att studera Gerbera-blommor har forskarna kommit fram till att en speciell sorts transkriptionsfaktorer som bara finns i växter (s.k. TCP-domän-transkriptionsfaktorer) är inblandade i att avgöra vilken sorts blommor som bildas i de olika delarna av de korgblommiga växternas blomställningar.

Transkriptionsfaktorer är proteiner som styr när och var olika gener är aktiva. Andra exempel på transkriptionsfaktorer som är viktiga för blommors utveckling är MADS-domän-transkriptionsfaktorerna. De ser till att de olika blomorganen, som ståndare och pistill, hamnar på rätt plats i blomman. Min doktorsavhandling handlade om MADS-domän-transkriptionsfaktorer, fast jag studerade istället vad de gör i barrträdens kottar.

P.S. Om du vill veta mer om TCP-domän-transkriptionsfaktorer i Gerbera rekommenderar jag Teemu Teeris och Paula Elomaas forskning vid Helsingfors universitet.

”Hästsvansar” i kvällssolens sken

Blommor är vackra, men jag tenderar att favorisera de växter som inte är blomväxter. Det har en gång i tiden funnits massor av sådana växtgrupper, men tyvärr har bara några få överlevt till idag. De grupper som fortfarande finns kvar är levermossorna, nålfruktsmossorna, mossorna, lummerväxterna, fräkenväxterna, ormbunkarna, barrträden, kottepalmerna, ginkgoväxterna (som bara har en enda levande art kvar) och så de udda gnetalerna Gnetum, Ephedra och Welwitschia som inte riktigt passar in någonstans. Hur fröväxterna är släkt med varandra, och hur de egentligen ska grupperas, kommer nog forskarna aldrig att riktigt komma överens om. Alltför mycket av bevismaterialet har helt enkelt gått förlorat under de hundratals miljoner år som passerat sedan deras sista gemensamma förfader levde.

De finns också forskare som anser att fräkenväxterna ska räknas som ormbunkar. I den frågan tycker jag personligen att paleontologernas argument stämmer bättre än molekylärbiologernas med de bevis som faktiskt finns, så jag håller fast vid att fräkenväxterna är en egen grupp med en evolutionär historia som sträcker sig flera hundra miljoner år tillbaka i tiden. Faktiska fossil väger i mitt tycke helt enkelt tyngre som bevis än molekylära släktskapsstudier, speciellt eftersom de molekylära studierna inte inkluderar de utdöda växtgrupperna. Men denna fråga är knappast avgjord, utan lär debatteras i många år.

Jag måste säga att jag är speciellt förtjust i fräken. Kanske beror det på att jag gillar det engelska namnet – horsetails. Hästsvansar vore väl ett mycket roligare svenskt namn än fräken! Här är några hästsvansar och ormbunkar fotograferade i kvällssolens sken. Jag älskar verkligen att bo alldeles intill en skog!

ErikaGroth201308sporväxterisidoljusErikaGroth201308sporväxterimotljus

En tidsresa och ett litet kunskapstest

Det var 1700-talsmarknad i Linnéträdgården idag. Förutom att handla och lära sig tillverka gammaldags leksaker kunde man titta på människor klädda i tidstypiska kläder, lyssna på lutmusik och lära sig om 1700-talets mat. Och så kunde man så klart titta på växterna i trädgården.

Vi kan ha en liten frågesport. Kan du identifiera dessa nyttoväxter (rätt svar finns under kommentarer)?

A)ErikaGroth201308_speltveteB) ErikaGroth201308_svarthavreC) ErikaGroth201308_linD) ErikaGroth201308_rågE) ErikaGroth201308_kornMedan du funderar kan du titta på några bilder från 1700-talsmarknaden och från resten av trädgården. Modet på 1700-talet var i mitt tycke riktigt snyggt, både för kvinnor och för män. Tyvärr var kläderna inte särskilt praktiska, speciellt inte kvinnornas klänningar.ErikaGroth201308_1700talsmarknadErikaGroth201308_1700talsmåltidErikaGroth201308_färgglatt

Aporna Suryia och Cooper är riktiga fenor på vattensport

Den 30 juli 2013 dök det upp en rapport i American Journal of Physical Anthropology som fått viss uppmärksamhet. Renato Bender och Nicole Bender publicerade en artikel (med bifogade videofilmer) där de presenterade schimpansen Cooper och orangutangen Suryia som har lärt sig både att simma och att dyka. Cooper och Suryia är faktiskt riktigt bra på vattensporter.

Det är kanske sant att denna rapport är den första formella vetenskapliga rapporten om simmande och dykande apor, men videor på både Cooper och Suryia finns på You Tube sedan länge tillbaka. Det finns till och med bok om Suryias simmande. I den här reklamfilmen för boken kan man se Suryia simma och leka med sina kompisar.

Cooper kan både simma och dyka men denna video från 2011 antyder att han själv kanske är mer förtjust i simhopp.

Den vetenskapliga artikeln och forskarnas videofilmer hittar du här (klicka på titeln): Renato Bender och Nicole Bender (2013) Brief communication: Swimming and diving behavior in apes (Pan troglodytes and Pongo pygmaeus): First documented report. American Journal of Physical Anthropology (förskottspublicerad på nätet: DOI: 10.1002/ajpa.22338). Längst ner på sidan finns flera videofilmer att ladda ner som visar Cooper och Suryia som simmar och dyker. Filmerna är riktigt bra.

Vilket är ditt favoritgennamn?

Mitt favoritgennamn är TIME FOR COFFEE. Denna gen är inblandad i att ställa backtravens inre klocka så att växtens dygnsrytm följer det verkliga dygnet. TIME FOR COFFEE påverkar dygnsrytmen under den senare delen av natten. Namnet syftar på att detta är en tid på dygnet då människor vanligen behöver kaffe för att kunna göra någonting överhuvudtaget. När man studerar dygnsrytmer är man ofta tvungen att vara på labbet dygnet runt för att ta prover, så jag misstänker att citatet nedan var baserat på personlig erfarenhet.

”We located TIC function to the mid to late subjective night, a phase at which any human activity often requires coffee”*

Det finns en lång tradition bland växtgenetiker att döpa mutanta växter till något som anspelar på mutantens avvikande utseende. Namnet får gärna vara komiskt eller anspela på något som alla antas känna till. En backtravsmutant vars blommor har extra många ståndare på bekostnad av pistillen (eller snarare karpellerna i pistillen) kallas till exempel superman. Superman är ju det engelska namnet på Stålmannen.

När den molekylära genetiken slog igenom inom växtbiologin för ca 20-25 år sedan kunde forskarna för första gången identifiera de muterade gener som orsakade avvikelserna hos växtmutanterna. Plötsligt hade gener gått från att vara ett abstrakt, statistiskt begrepp till att vara något fysiskt som fanns på riktigt. Något som finns på riktigt behöver ett namn, så dessa gener fick ärva namnet från mutanterna. Mutanten superman har alltså en mutation i genen SUPERMAN.

Det finns vissa komplikationer, men i princip fungerar detta namngivningssystem ganska bra. I alla fall efter att man införde skrivregler för att undvika den förvirring som kan uppstå när olika saker har samma namn. I de flesta (men inte alla) växtarter skrivs numera gennamn med kursiverade stora bokstäver, proteinnamn med icke-kursiverade stora bokstäver och mutantnamn med kursiverade små bokstäver.

*Citatet kommer från Anthony Hall m.fl. (2003) The TIME FOR COFFEE Gene Maintains the Amplitude and Timing of Arabidopsis Circadian Clocks. The Plant Cell 15(11): 2719-2729. TIC är den officiella förkortningen av TIME FOR COFFEE. Forskare har ofta ett starkt behov av att hitta på förkortningar för allting, oavsett om det behövs eller inte.