Amaryllisblommorna är tillbaka

Min amaryllis, som senast blommade i påskas, har fått tillbringa sommaren på min balkong. Såvitt jag vet brukar amaryller bara blomma en gång per år, så jag blev rätt förvånad när jag för några veckor sedan tänkte ta in den inför hösten och upptäckte att den hade fått en ny blomknopp. Nu blommar den för fullt för andra gången i år! Jag, som älskar amaryllisblommor, kunde inte vara nöjdare.

En gen för ett underbart liv?

Växtforskare måste gilla att läsa sagor för det finns backtravsgener med namn som HOBBIT och ELF. Faktum är att det finns många gener i backtrav som heter ELF, och de brukar därför ha ett nummer efter namnet för att skilja dem åt. När jag letade efter en av dessa ELF-gener i backtravsdatabasen hittade jag istället en gen med ett ännu häftigare namn: PRIORITY IN SWEET LIFE 1. Översatt till svenska skulle det väl bli något i stil med första prioritet i ett härligt liv.

Samma gen har också ett par andra namn, nämligen de betydligt torrare och tråkigare EMS-MUTAGENIZED BRI1 SUPPRESSOR 2 och CALRETICULIN 3EMS-MUTAGENIZED BRI1 SUPPRESSOR 2 måste ursprungligen vara ett mutantnamn för EMS är en kemikalie som används för att skapa slumpmässiga mutationer i växters arvsmassor. CALRETICULIN är ett calciumbindande protein, så det sista namnet är egentligen det namn som ger mest information om vilken sorts gen detta är.

Det jag är nyfiken på är vem som döpte genen till PRIORITY IN SWEET LIFE 1 och varför de valde just det namnet, men detta hittade jag ingen information om på genens hemsida. När ordet sweet (söt) dyker upp i ett gennamn brukar det betyda att genen i fråga är inblandad i sockermetabolismen, men jag hittar inget som tyder på att PRIORITY IN SWEET LIFE 1 har något med socker att göra. Mycket mystiskt…

Ny organell hittad som tillverkar garvämnen

Eukaryota celler är inte homogena. De innehåller en massa olika separata delar som var och en har sin egen funktion. Dessa enheter fungerar ungefär som en sorts miniorgan och kallas därför för organeller. Nu har en grupp forskare hittat en ny sorts organell som de döpt till tannosomen. Denna upptäckt är i grund och botten resultatet av att forskarna på klassiskt biologmaner använt ett mikroskop för att titta på växtceller i hög förstoring, även om de i detta fallet inte använde ett enkelt ljusmikroskop utan ett antal mer avancerade och betydligt dyrare mikroskoperingstekniker.

Tannosomer bildas inuti kloroplasterna genom att små bubblor avknoppas från tylakoidmembranerna. Tylakoidmembranerna är mest kända för att det är här som fotosyntesens ljusreaktion sker. Inuti dessa små bubblor, som bara är några tiotals nanometer stora, bildas tanniner. Detta är naturligtvis anledningen till att bubblorna kallas tannosomer. Tanniner är garvämnen. Namnet kommer av att de används för att garva läder, men deras viktigaste uppgift i naturen är att ge växter en otrevlig smak som skyddar dem mot betande djur.

Tannosomerna i sin tur avkoppas gruppvis från kloroplasterna i s.k. skyttlar. Skyttlarna skapas genom att utbuktningar i kloroplasternas membran avsnörs till små påsar. Varje påse, som är någon mikrometer i diameter, är proppfull med små tannosomer. Skyttlarna färdas genom cellens cytoplasma till vakuolen där de tas upp. Återigen sker det alltså en sorts avknoppning, men denna gång inåt mot insidan av vakuolens membran. Resultatet är att varje påse kommer att täckas av ytterligare ett påslager som skapas av vakuolens membran.

Vakuolen är en stor, vätskefylld organell som fyller ut växtcellernas volym och även fungerar som förvaringsplats för diverse olika molekyler. Dessutom bryts vissa oönskade molekyler ner i vakuolen. Det är alltså vakuolen som är slutmålet för tanninerna, men när de väl kommer fram är de mycket väl förpackade. Hela tre lager membran skiljer dem från det övriga innehållet i vakuolen. Det innersta lagret kommer alltså från tylakoidmembranet, det mittersta lagret från kloroplastmembranet och det yttersta lagret från vakuolmembranet.

Tidigare så trodde man att tanniner bildades i det endoplasmatiska nätverket, vilket är en annan sorts organell där ett flertal olika typer av komplexa molekyler byggs upp. Upptäckten att tanniner istället bildas i tannosomer är ett bra exempel på att vi egentligen bara har börjat skrapa på ytan av vad som finns att upptäcka i naturen. Mycket av det som kallas etablerad kunskap i läroböckerna visar sig vid närmare granskning bara vara mer eller mindre kvalificerade gissningar. Det finns massor kvar att göra för framtidens forskare bara när det gäller att kontrollera vilka av läroböckernas påståenden som verkligen är sanna och vilka som inte är det.

Exempelvis har vi ju den uppenbara följdfrågan till denna nya upptäckt: hur kommer de byggstenar som tanninerna byggs upp av och de enzymer som sköter själva byggandet egentligen in i tylakoiderna till att börja med?

Referens: Jean-Marc Brillouet m.fl. (2013) The tannosome is an organelle forming condensed tannins in the chlorophyllous organs of Tracheophyta. Annals of Botany 112(6): 1003-1014

Jag vill också ha en egen blästugn!


För några veckor sedan var jag på en geologiskt exkursion med deltagare från två olika geologiska föreningar. Jag hade egentligen influensa och var rätt hängig den dagen, men bestämde mig ändå för att följa med. Det ångrar jag inte, trots att jag var sängliggande i flera dagar efteråt.

Vi började med att besöka ett antal nedlagda gruvor. Den första på listan var Storstrecksgruvan. Där fanns det en stor varphög. Den klättrade gruppen omkring på med stor entusiasm och geologhamrarna i högsta hugg för att leta spännande mineraler. Gruvvarpen består av de oönskade skräpstenar som följt med på köpet när gruvarbetarna plockat upp de mer ekonomiskt lönsamma stenarna ur gruvan. Skräpstenarna brukar helt enkelt slängas i en hög i närheten av gruvan. På dessa varphögar klättrar det ofta omkring mineralletare och andra geologiskt intresserade människor. Skyddsglasögon rekommenderas om man råkar möta sådana personer för de hamrar ofta vilt på stenarna så att stenflisor flyger vida omkring.

Vid nästa gruva, Storbergsgruvan, fick vi känna på den kusliga kylskåpskalla kylan som strömmar mot en när man närmar sig ingången till gruvan. Då det var en solig och varm dag märktes effekten extra tydligt. Eftersom vi inte fick gå in i gruvan passade vi istället på att äta vår matsäck ute i solskenet.

Efter några snabba besök vid ytterligare några gamla gruvor och lite mer stenknackande var det dags för dagens höjdpunkt – ett besök hos järnframställarna i Hälltjärn. I Hälltjärn tillverkar Catrine Tangen och hennes kollegor järn från myrmalm på gammaldags vis i sin egenhändigt byggda blästugn. Detta besök var en mäktig upplevelse, och jag blev väldigt imponerad av Catrine. Jag vill också ha en egen blästugn och framställa mitt eget järn!

Efter all denna geologi med gruvor, mineraler och malmer var det slutligen dags för en lite annorlunda del av exkursionen, nämligen den kvartärgeologiska delen. Vi tittade bland annat på jordarter och jordmånsprofiler och så letade vi efter högsta kustlinjen i skogen. Att stå på en kulle mitt i skogen och kunna se spåren av havsvågorna som slog där för många tusen år sedan är faktiskt rätt coolt.

Dessutom fick vi se ett gammalt sandtag med en perfekt genomskärning av en rullstensås. Detta är numera en oerhört ovanlig syn då man inte använder natursand och -grus längre utan istället tillverkar konstgjord sand och grus genom att krossa berg. Tyvärr låg min kamera kvar i bilen vid det stoppet, så jag har inga bilder på den genomskurna åsen. Det är synd, för den var nog ändå kanske den mest fascinerande synen på hela dagen. Lagren var oerhört skarpt uppdelade, så skarpt att det var en nästan surrealistisk upplevelse.

 

Luften i denna gång som ledde in till gruvan var kylskåpskall, vilket var kusligt att uppleva denna varma dag.
Luften i denna gång som ledde in till Storbergsgruvan var kylskåpskall, vilket var kusligt att uppleva denna varma dag.
Geologiska diskussioner vid lunchpausen.
Geologisk debatt vid lunchpausen. Vad är det för en stor sten som någon placerat framför stugan?
Vad är det jag hittat för något? Är man en erfaren geolog på en sådan här exkursion får man svara på den frågan många gånger.
Vad är det jag har hittat för något? Är man en erfaren geolog på en sådan här exkursion får man svara på den frågan många gånger.
Grön epidot.
I en av varphögarna vi besökte hittade jag pistagegrön epidot.
Du är härmed varnad! Skylt vid ingången till Helltjärnsprojektet.
Du är härmed varnad! Skylt vid ingången till Hälltjärnsprojektet.
Catrine Tangen som leder projektet att framställa järn på historiskt vis och som var vår guide under besöket.
Catrine Tangen leder projektet att framställa järn ur myrmalm på historiskt vis och var vår guide under besöket.
Att framställa sitt eget järn med gammaldags metoder är hårt arbete, men väldigt roligt. Observera dammsugarslangen som leder in luft till elden!
Att framställa sitt eget järn med gammaldags metoder är hårt arbete, men väldigt roligt. Observera användningen av dammsugarslangen för att leda in luft till elden. Både stora och små exkursionsdeltagare var lika fascinerade av processen.
Morän med en någorlunda tydlig podsolprofil.
Morän med en någorlunda tydlig podsolprofil.
"Här gick högsta kustlinjen. Just precis här där vi står."
HÄR gick högsta kustlinjen. Just precis här där vi står.
En skogsvy som ger lite norrländsk hemlängtan.
En skogsvy som ger mig lite norrländsk hemlängtan.

DNAquiri – en nördig drink

För den som gillar att testa nya och bisarra drinkar finns DNAquiri. Denna cocktail blandas genom att man använder ananasjuice (som inte får vara värmebehandlad) och sprit (som måste innehålla minst 75% etanol) för att extrahera och fälla ut DNA från frysta jordgubbar. Sedan dricker man sin cocktail.

Rebecca Helm rapporterar på bloggen Deep Sea News att hon testade drinken på en nördig tjejkväll. De prövade att använda både jordgubbar och persikor som utgångsmaterial, och de verkar ha haft väldigt roligt när de tillverkade sina drinkar. Tyvärr var tydligen själva drinkarna inte någon större smaksensation. Hon passade också på att ta med lite av det utfällda DNA:t till jobbet för att kollegorna skulle få provsmaka. Alla där tyckte tydligen att DNA-klumparna smakade ungefär som själva frukten. DNA verkar alltså inte ha någon särskilt stark egen smak.

Att DNA i sig är rätt smaklöst är väl inte så förvånande, men man kan ju inte veta säkert om man inte smakar på rent DNA, vilket inte är vad man får fram med ovanstående metod. Själv gillar jag överhuvudtaget inte alkohol, så denna drink är nog inget för mig. Jag äter hellre både jordgubbarna och persikorna som de är, inklusive deras DNA.

Brrr

Jag älskar min bostad, men den har en jättestor nackdel. Den är nästan alltid svinkall. Hyresvärden envisas med att temperaturen ska mätas i ögonhöjd mitt i lägenheten. Där är temperaturen just nu 18 grader.

Temperaturen i min lägenhet idag.
Temperaturen i min lägenhet idag, enligt hyresvärdens termometer.

Under vinterhalvåret brukar temperaturen ligga mellan 16 och 18 grader, vilket inte når upp till de 20 grader som utlovats. Under termometern, där ju resten av mig vistas, är det ännu kallare. Dessutom drar det kall luft från fönstren. Jag har framfört samma klagomål till värden varje år sedan jag flyttade in. Varje år lovar de att fixa problemet, och varje år händer ingenting. Jag fortsätter att frysa, och jag avskyr att frysa.

Bloggsuccé

Nu har denna blogg funnits i lite drygt ett halvår. Hittills har den helt klart överträffat mina förväntningar. Bloggen har redan haft många fler besökare på drygt sex månader än vad min gamla hemsida någonsin hade under ett helt år. Ett extra stort tack till alla som har lämnat kommentarer här på bloggen! Det tycker jag är jättekul.

Skillnaden mellan förväntat och verkligt resultat

Jag håller på att förbereda en kort och förhoppningsvis engagerande presentation av min forskning till tävlingen Forskar Grand Prix, som går av stapeln nästa vecka. Ämnet för presentationen är glykosidhydrolaser, vilket är enzymer som bryter ner kolhydrater. Jag tyckte att det kunde vara en bra idé att inleda med att visa ett klassiskt experiment som ofta används i skolundervisningen och som vem som helst kan utföra hemma. Ett experiment som dessutom ger ett färgglatt resultat, vilket alltid brukar vara populärt. Alltså försökte jag utföra detta enkla skolexperiment på labbet, vilket borde ha varit en enkel uppgift…

Det hela går ut på att visa att enzymet amylas (mer specifikt alfa-amylas), som finns i saliven, bryter ner stärkelsen i maten till bl.a. maltsocker (maltos). Stärkelse består av massor av små druvsockermolekyler som sitter ihop, medan maltsocker bara består av två sammanlänkade druvsockermolekyler. Enzymet amylas är ett av de få glykosidhydrolaser som människan själv kan tillverka. De flesta enzymer som bryter ner kolhydraterna i vår mat tillverkas istället av bakterier som bor inne i vår kropp.

Experimentet är mycket enkelt. Blanda stärkelse (t.ex. potatismjöl) med saliv och vatten och håll det hela kroppsvarmt (ca 37°C) i minst 10 minuter. Jag lät röret stå i ett 37-gradigt värmeskåp i en halvtimme. Enligt teorin ska amylasen i saliven under tiden klippa loss maltsocker från stärkelsen.

För att kontrollera om en vätska innehåller reducerande sockerarter som maltsocker eller druvsocker kan man använda Trommers prov. Man börjar med att tillsätta lite kopparsulfatlösning till den vätska man vill testa. Kopparsulfat, som kan köpas i färg- eller byggbutiker, ger en ljusblå lösning när man löser upp pulvret i vatten. Sedan droppar man i lut i lösningen tills den byter färg från ljusblå till mörkt himmelsblå. Därefter doppar man ner röret med vätskan i kokhett vatten så att lösningen värms upp, och låter röret stå där en stund. Om lösningen innehåller minst ett par procent av någon reducerande sockerart bildas röd kopparoxid. Om lösningen innehåller bara lite av någon reducerande sockerart blir den istället grön. Innehåller vätskan inga reducerande sockerarter alls förblir den blå.

Jag använde min egen saliv och gjorde om experimentet flera gånger. Varje gång fick jag samma resultat. Lösningen förblev envist knallblå. Inte ett enda litet korn av röd kopparoxid! Inte ens en skiftning i grönt kunde anas. Om mitt saliv överhuvudtaget innehåller amylas verkar mitt enzym alltså vara för ineffektivt eller för sparsamt förekommande för att det ska ha någon effekt.

Märkligt nog verkar stärkelsen ändå lättare brytas ner i närvaro av saliven. Det är nämligen skillnad på resultatet i röret som innehåller stärkelse och saliv jämfört med röret som innehåller lika mycket stärkelse men som saknar saliv. Förutom amylas kan även värme och syra bryta ner stärkelse, så det kan i och för sig hända att saliven gjorde stärkelsen mer värmekänslig. Jag gjorde inga andra tester för att jämföra t.ex. pH på de olika lösningarna, så detta kan jag tyvärr inte säga något om.

130916 Trommers prov efter några timmar 003_redigerat
Efter att ha utfört Trommers prov på alla tre rören lämnade jag dem sedan i rumstemperatur i några timmar. I maltoslösningen har det bildas en fällning av roströd kopparoxid, men röret med saliv och stärkelse är fortfarande knallblått. I röret med stärkelse, men utan saliv, finns det stärkelsekorn som färgats svarta.

Frågan är varför det inte verkar ha bildats några reducerande sockerarter när saliven fick verka på stärkelsen. Jag hittade en gammal forskningsrapport (se nedan) som tyder på att nivån på amylasaktiviteten i saliven beror på hur stärkelserik mat man äter, och jag äter sedan mer än ett halvår tillbaka en socker- och stärkelsefattig kost. Detta skulle kunna vara en förklaring till den ynkliga nivån på amylasaktiviteten i mitt saliv. Tyvärr testade jag inte enzymaktiviteten innan jag lade om kosten, så det är svårt att veta hur det ligger till med den saken.

Utifrån detta lilla experiment med bara en enda försöksperson kan man egentligen inte dra några vetenskapliga slutsatser, men frågan är intressant. Jag blir faktiskt lite sugen på att göra en mer utförlig vetenskaplig studie av sambandet mellan amylasaktiviteten i saliven och vad man äter. En snabb genomsökning av den vetenskapliga litteraturen visar att detta inte verkar ha studerats särskilt mycket i människor…

Referens: Bernard T. Squires (1953) Human salivary amylase secretion in relation to diet. J. Physiol. vol. 119 sid. 153-156

Min slända

ErikaGroth201308trollsländaHar man en kamera och tar naturbilder är det tydligen mer eller mindre obligatoriskt att fotografera trollsländor. Eftersom jag inte har någon lust att stiga upp kl. 4 på morgonen, när trollsländorna sitter stilla och dessutom har snygga daggdroppar på vingarna, får jag istället försöka fotografera dem på dagen när de svischar omkring. Det är mycket svårare. Här är i alla fall en samarbetsvillig trollslända som satt stilla tillräckligt länge för att jag skulle kunna fotografera den och dessutom satte sig precis där grässtråna korsar varandra i ett snyggt mönster.