Här är en doktorand som verkar ha riktigt kul på jobbet! Chansen att en doktorsexamen i improviserande steppdansares kultur leder till ett jobb är kanske inte så stor, men å andra sidan är evolutionsbiologi (som min avhandling handlade om) inte heller ett särskilt arbetsmarknadsanpassat val.
Helt plötsligt får jag lust att plocka fram mina gamla steppskor igen. Jag testade för många år sedan att gå några steppkurser, men gav upp efter ett tag. Jag lyckades aldrig lära mig kurskoreografin ordentligt. Improvisation låter mycket roligare. Problemet är var man ska öva någonstans? Lägenheten är nog ingen bra idé…
Hur kommer man egentligen på idén att om man tillför koldioxid (CO2) till en vattenlösning av bariumklorid (BaCl2) och natriumsilikat (Na2SiO3) kan man skapa pyttesmå ”blommor”, trattar och vaser? ”Blommorna” består i detta fall av utfällningar av mineralerna witherit (bariumkarbonat, BaCO3) och kvarts (kiseldioxid, SiO2), och forskarna som hittade på detta lyckades till och med lära sig kontrollera utseendet på utfällningarna i detalj genom att ändra koldioxidkoncentrationen, temperaturen och lösningens pH. De kallar det för nanoteknologi, fast de små blommorna faktiskt är i mikrometerskala, snarare än nanometerskala. Se färgbilder på de små ”blommorna” här. Artikeln ”Rationally Designed Complex, Hierarchical Microarchitectures”, som nyligen publicerades i Science, kan laddas ner från författarens hemsida. Kolla på bilderna! De är underbara.
Från och med slutet på maj i år släpper Europeiska kommissionen en karta över Afrikas jordar – Soil Atlas of Africa. Den har producerats av europeiska och afrikanska forskare tillsammans och har redan funnits tillgänglig via nätet i några veckor, men nu kommer den även i tryck. En karta över vilken sorts jord som finns på marken kanske inte låter så spännande, men att förstå sin jord är en mycket viktig förutsättning för att jordbruk och skogsbruk ska fungera. I Afrika, där många av länderna i stor utsträckning själva producerar sin mat, blir det alltför ofta hungerkatastrof när jordarna inte levererar som förväntat.
Jorden är en av de viktigaste naturresurserna, och den är inte förnyelsebar. Åtminstone inte på tillräckligt kort sikt för att det ska vara användbart i dessa sammanhang. Det är viktigt att komma ihåg att Afrika är en gigantisk kontinent, och här finns många olika sorters jord representerade. Afrika tillhör också de delar av världen som förväntas få problem i framtiden på grund av ett varmare klimat, vilket gör det ännu viktigare att den fertila jord som finns används på ett så bra sätt som möjligt. För att ett rationellt användande av jorden ska vara möjligt så behövs kunskap om vilka sorters jordar som finns, och var de finns. Speciellt i tropikerna är jordarna ofta mycket tunna och näringsfattiga, och olämplig användning av marken kan göra den oanvändbar i många generationer framåt.
Denna jordatlas är ett mycket viktigt vetenskapligt framsteg. Det gäller bara att se till att den också kommer till användning, och att kunskaperna når ut till lokalbefolkningen. Det är ingen lätt uppgift, men det är egentligen först då som dessa kunskaper kan göra någon verklig nytta. Den här atlasen är därför tänkt att kunna läsas och förstås av t.ex. politiker och jordbrukare. Men naturligtvis krävs det också utbildning för att kunskaperna ska kunna tillämpas i praktiken inom t.ex. jordbruket.
Översikt över Afrikas jordar. Källa: Soil Atlas of Africa
Barrträdens gigantiska arvsmassor har länge ansetts vara för stora för att kunna avläsas och analyseras i sin helhet, men på senare år har flera parallella forskningsprojekt tagit sig an utmaningen. De största är det svenska granprojektet som främst fokuserar på svensk gran (Picea abies), ett kanadensiskt projekt som fokuserar på vitgran (Picea glauca) och ett amerikanskt projekt som främst satsar på loblollytall (Pinus taeda). Stora delar av vitgranens arvsmassa har faktiskt varit offentligt tillgängliga ett bra tag nu, men tyvärr bara i ett hopplöst opraktiskt format som man måste vara dataprogrammerare (med rejält med tillgängliga datorresurser) för att kunna utnyttja. Produktionen av den genomsekvensen publicerades officiellt den 22 maj i Bioinformatics.
Betydligt mer uppmärksamhet har publikationen av den svenska granens arvsmassa fått. Den publicerades samma dag i Nature. Svenskarnas artikel är bättre i den bemärkelsen att den innehåller en del jämförande analyser av arvsmassan. Förutom granens arvmassa har de även sekvenserat svensk tall (Pinus sylvestris), sibirisk ädelgran (Abies sibirica), en (Juniper communis), idegran (Taxus baccata) och en gnetumart (Gnetum gnemon), fast dessa sekvenser är av sämre kvalitet än gransekvenserna.
För att sammanfatta vad de kommit fram till så verkar gran ha ungefär lika många gener som andra växter. Anledningen till att barrträdsgenomen är så gigantiska verkar vara att de är fulla av så kallade transposoner. Transposoner är bitar av DNA som hoppar runt i arvsmassan, och ofta dessutom kopierar sig själva på köpet. Barrträden verkar vara sämre än många andra arter på att rensa bort dessa, med resultatet att deras arvsmassa har svällt till enorma proportioner. Transposoner kan också ställa till det för växterna när de hoppar runt. Om de hoppar in i en aktiv gen kan de i värsta fall slå sönder genen och göra den icke-funktionell. Transposoner kan vara anledningen till att många av de gener som forskarnas dataprogram identifierar i granens arvsmassa verkar ha mycket stora introner.
Gran har ungefär samma antal gener som andra växter (a). Däremot verkar intronerna vara ovanligt långa (b). Källa: Nystedt m.fl., Nature, 2013
Tyvärr har forskarna bara lyckats sekvensera delar av granens arvsmassa, och de har faktiskt inte lyckats pussla ihop sina sekvenser till en sammanhängande DNA-sekvens. Det som finns är olika bitar av arvsmassan, avlästa var för sig. Det är alltså fortfarande i praktiken ett ”fläckvis” grangenom som nu offentliggörs. Jag testade att söka på sekvenserna från ett par opublicerade grangener jag arbetade med som doktorand. De hade lyckats identifiera snuttar av båda sekvenserna, men inte hela generna. Så det finns massor av jobb kvar att göra innan vi har ett verkligt användbart grangenom. Vill du hjälpa till? Det är bara att gå till ConGenIE-sidan och sätta igång.
Birol m.fl. (2013). Assembling the 20 Gb white spruce (Picea glauca) genome from whole-genome shotgun sequencing data. Bioinformatics. doi: 10.1093/bioinformatics/btt17 (open access)
Nystedt m.fl. (2013) The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution. Nature. doi:10.1038/nature12211 (open access med ”Creative Commons licence”)
Jag tenderar inte bara att få svindel utan även fullskalig panik av höga höjder. Att då frivilligt välja att gå nedför en brant stupande, blöt och hal trätrappa rakt ner i ett 80 meter djupt, kolsvart och iskallt hål är fullständigt vansinne. Ändå var det precis vad jag gjorde igår. Visserligen slutade det med att jag var tvungen att gå baklänges nedför trappan för att överhuvudtaget ta mig ner, men ner kom jag till slut. På darrande ben.
På 85 meters djup ligger vattenytan. Här nere håller grottdykarna till.
Hålet i fråga var ingången till Tuna-Hästbergs gruva som ligger nära Borlänge i Dalarna. Gruvan är nedlagd, men används sedan en tid tillbaka som ”äventyrsgruva”, mest av grottdykare men även för olika publika arrangemang. Trots detta är det ingen anpassad turistgruva.
Förutom de faciliteter som dykarna har ordnat har gruvan har i princip varit orörd sedan den en gång lämnades av gruvarbetarna. Det gör gruvan intressant, men också farlig. Det finns inga säkerhetsanordningar och (förutom hos dykarna) ingen belysning. Inga staket eller rep skyddar dig från branta stup och i det närmaste bottenlösa hål, så snubblar eller halkar du kan det bli det sista du gör. Egentligen helt fel plats för mig, som inte alls är någon äventyrlig person. Ibland är jag faktiskt för nyfiken för mitt eget bästa…
Anledning till att jag begav mig ner i denna f.d. järnmalmsgruva var att Upplands Geologiska Sällskap och Tunabygdens Geologiska Förening tillsammans hade anordnat en geologisk exkursion hit med kunnig och entusiastisk guidning av Jan Lindsten och Peter Harström. Malm, för den som inte vet det, är den del av berggrunden som innehåller så höga halter av en brytbar metall eller något annat värdefullt ämne att det inte bara är praktiskt möjligt utan också ekonomiskt lönsamt att bryta den. Den malmrika berggrunden i Bergslagen bildades huvudsakligen vid en plattkollision för ca 1,9 miljarder år sedan. Aska från vulkaner bildade tjocka lager, som förstelnades och bildade leptit. I vissa fall ligger flera asklager och kalkstenslager omvartannat, vilket visar att askan avsattes i grunt vatten.
Detta är inte gammal skrift utan tunna, vackert deformerade asklager i kalkstenen.Det ser ut som asklager som förstelnats och sedan deformerats av plattkollisionen, men vår guide hade en annan förklaring till detta fenomen. Detta kan ha uppkommit genom att askan förflyttades när den var nybildad. Vi inväntar bekräftelse från expert i ämnet… Notera isen på golvet, vilket visar hur kallt det var i gruvan.
De enorma krafterna från plattkollisionen, som pågick i ca 30 miljoner år, tippade de förstelnade asklagren så att de kom att stupa snett nedåt, snarare än att ligga vågrätt. Dessutom trycktes de ihop och veckades i mjukt böljande veck. Att de veckades, snarare än att brytas av, visar att de var väldigt varma.
Skarn bildad när en yngre bergart trängt in i en äldre kalksten. Det röda är granater som bildats i kontaktzonen mellan de två bergarterna.
Långt efter själva plattkollisionen deformerades berget igen. För ca 1,4 miljarder år sedan trängde diabasgångar in i kalkstenen. I gränsskiktet mellan olika sorters bergarter kan det ske kemiska reaktioner. Av kalcium från kalksten och kisel från en närliggande bergart bildas s.k. skarn. Skarn finns ofta tillsammans med malm, som exempelvis järnmalmen i Tuna-Hästberg. Dessa senare deformationer skedde generellt vid en längre temperatur. Berget bröts därför sönder istället för att böjas, vilket resulterade i förkastningar snarare än mjukt böljande vågor.
Kilen som ligger lite lägre än resten är ett snyggt litet exempel på en deformation.Tydligt exempel på förkastning. Två lager av berg har förskjutits relativt varandra.
Det har funnits en gruva i Tuna-Hästberg åtminstone sedan mitten på 1300-talet. En bit in i gruvan upphör det berg som innehåller malm då granit tvärt skär av leptiten. Först trodde man att det innebar att malmen i gruvan var slut, men senare borrningar visade att så inte var fallet. Man hade bara letat på fel ställe. Hittills har man plockat upp 6 miljoner ton järnmalm ur gruvan. Som mest innehåller malmen 57% järn. Efter lite överslagsräkning kom vi (eller, mer specifikt, UGS ordförande Arne Sundberg) fram till att denna gruva hittills borde ha gett järn för ca 3 miljarder kronor. Det är betydligt mer än många mer kända gruvor. Och fortfarande finns det kvar malm, även om ingen bryter idag.
Efter att vi kommit upp ur gruvan och värmt oss en stund i solen åkte delar av gruppen vidare till Geologiska museet i Borlänge. Utöver välförtjänt fika och mycket diskussioner hann vi även med att ta en titt på själva utställningarna. Förutom vackra stenar visade museet också fossiler, inklusive ett flertal växtfossiler. Vilket ger ett stort plus i min bok.
Enligt en rapport från Kungl. Vetenskapsakademiens energiutskott skulle Sverige kunna använda skogen för att bli självförsörjande på drivmedel. Vi behöver inte använda fossila bränslen alls. Det förutsätter dock att skogsbruket effektiviseras och att vi ersätter bensin och diesel med metanol (träsprit) och DME (dimetyleter). Båda dessa har tidigare använts som drivmedel i motorer. De är kanske inte jordens mest hälsosamma ämnen, men är sannerligen inte bensin och diesel heller, och de ger i alla fall betydligt renare avgaser. Metanol kan dessutom tillverkas från koldioxid, och koldioxidöverskott är ju för tillfället något vi gärna vill bli av med för klimatets skull. Dessutom kan metanol användas för att lagra energi från t.ex. vindkraftverk. Detta låter ju bra. Varför har vi då fortfarande bensin och diesel i bilarna?
Den mest grundläggande anledningen är naturligtvis att fossila bränslen fortfarande är alltför billiga för att biobränslen ska kunna konkurrera på allvar. Det finns trots allt fortfarande en hel del lättillgänglig olja i världen. Dessutom finns det konkurrerande idéer om vad träden i skogen ska användas till. En effektivisering av skogsbruket skulle i och för sig ge mer råmaterial, men det är inte självklart att ens detta överskott ska användas till att tillverka just drivmedel. Av träd gör man även t.ex. byggmaterial, papper och olika kemiska och biokemiska produkter.
Fungerande testanläggningar finns för att tillverka biodrivmedel från träd, men ännu finns inga fullskaliga industriella anläggningar. Skogsindustrin behöver i och för sig hitta nya användningsområden för skogen, men det är en långdragen och dyr process att ställa om industriell produktion. Dessutom måste både fordon och infrastruktur anpassas. Kort sagt behövs det en hel del pengar och politisk beslutsamhet om det ska bli något av med det hela. Men visst skulle det vara ett stort steg på vägen mot målet att bli oberoende av fossila bränslen…
Allting har numera sin egen speciella dag. På lördag, den 18 maj, är det dags för fascinerande växters dag. Idén kommer från the European Plant Science Organisation som för andra året i rad koordinerar den internationella Fascination of Plants Day. Målet med det hela är att få så många som möjligt att inse hur fascinerande och användbara växter är. I Sverige firas det med aktiviteter för allmänheten i Lund, Göteborg, Stockholm, Uppsala och Umeå. Trevligt initiativ tycker jag!
Två månader på en isbrytare i vattnet utanför Antarktis komprimerade till knappt fem minuter. Cassandra Brooks monterade en kamera i fören på isbrytaren Nathaniel B. Palmer och skapade denna helt underbara video. Vackra bilder av is av allehanda slag med Cassandra som kommentatorröst. Det är häftigt att se hur isbrytaren tar sats ordentligt för att knuffa sig fram när den kört fast. Och pingviner är supersöta i ultrarapid. Tack till Deep Sea News, en av mina absoluta favoritbloggar, för tipset.
Vad är egentligen normalt att äta och dricka? Här finns en samling fotografier av en veckas matkonsumtion hos 20 familjer från olika länder. En familj per land ger naturligtvis en väldigt skev bild av det landets matvanor, och familjerna verkar vara utvalda för att uppfylla nationella stereotyper (Afrika = flyktingläger?!), men det är ändå en kul jämförelse. Vilken familjs matinköp liknar mest dina egna (var ärligt nu och glöm inte chokladkakorna på vägen hem från jobbet)? Om inte annat kan man alltid få lite middagsidéer av att studera andras mathållning.
