I fjällen för att prata om barrträd. Del 2: Fjällen

Eftersom det är dagsljus dygnet runt tillbringade jag och andra kvällar och ibland nätter med att vandra i fjällen vid hotellet. Fotot är taget vid 11-tiden på kvällen.
Foto av mig taget vid 11-tiden på kvällen. Fotograf: Henrik Aspeborg (med min kamera)

Det var som sagt inget vidare väder när vi var i Björkliden. Jag försökte ta lite snygga bilder på Lapporten, som jag kunde se från hotellrummet, men den var täckt av låga moln nästan hela tiden. Lyckades i alla fall få några hyggliga foton. Eftersom det är midnattssol nu i norra Norrbotten är det dagsljus även på kvällar och nätter. De flesta av konferensdeltagarna tyckte att midnattssolen var spännande, men för vissa svalnade entusiasmen när de fick problem med att sova. Hotellet hade rejält tjocka gardiner i fönstren, vilket gjorde rummen rätt mörka, men det räckte inte för alla.

Lapporten
Lapporten
Smörboll (Trollius europaeus)
Smörboll (Trollius europaeus)

Jag och andra drog fördel av ljuset och tillbringade en del tid sent på kvällarna med att vandra i fjällen. Mycket blommor hade redan slagit ut, och jag såg några fina vattenfall. Tyvärr var de fjällbjörkar som fanns i området huvudsakligen kala, efter att ha fått bladen uppätna av björkmätarlarver. Det är nu andra året i rad som det är utbrott av björkmätarlarver uppe i Björklidenområdet, och det gör att fjällbjörkarna ser kala och döda ut. De kala grenarna utan löv gjorde utsikten mycket tråkigare.

Björkmätarlarver äter upp fjällbjörkarnas blad.
Björkmätarlarver äter upp fjällbjörkarnas blad.
Björkar som attackerats av björkmätarlarver står bredvid de som fortfarande har löv.
Björkar som attackerats av björkmätarlarver står bredvid de som fortfarande har löv.
Vattenfall. Uppe i bergen fanns det fortfarande kvar en del snö.
Vattenfall. Uppe i bergen fanns det fortfarande kvar en del snö.

Sista natten skulle gruppen gå en guidad ”midnattssolsvandring” upp på fjället. Idén var inte så tokig, men solen envisades tyvärr med att gömma sig bakom molnen. Dessutom blåste det rejält kallt när vi kom upp på kullarna, och efter allt regnande var stigen snarare ett träsk på flera ställen. Trots detta dök många av deltagarna upp i kläder (och skor) som hade passat bättre för en shoppingrunda på stan än för att vandra i fjällen. Fjällen är trots allt fjällen, även om detta bara var en kort promenad på några kilometer. Dessa människors reaktioner när de, lite för sent, insåg sitt misstag var nog det roligaste på hela resan (ja, ja, jag vet att det är lite taskigt av mig, men det var verkligen komiskt).

Fjällbäck
Fjällbäck
Visst ser stenen ut lite som en groda?
Visst ser stenarna ut som en groda?

I fjällen för att prata om barrträd. Del 1: Konferensen

Ibland har man helt enkelt otur. Det har varit fantastiskt väder i Björkliden ett bra tag nu och väderleksrapporterna lovar fortsatt fantastiskt väder. Enda undantaget var helgen som var, d.v.s. när jag var där. Vi var drygt 50 forskare av flera olika nationaliteter som hade rest till Björkliden för att diskutera sekvenseringen av barrträdens arvsmassor och hur dessa data kan användas för forskning och för praktiskt skogsbruk. Huvuddelen av deltagarna var på ett eller annat sätt inblandade i antingen det svenska eller det kanadensiska grangenomprojektet. Tanken var att det amerikanska tallgenomprojektet också skulle delta, men med något enstaka undantag så backade de ur i sista stund.

Förutom folk från de två stora grangenomprojekten var också ganska många potentiella användare av informationen där, inklusive jag. Där fanns också representanter från mindre projekt som, med betydligt mindre budgetar, arbetar med att sekvensera och analysera andra barrträds arvsmassor. Några specialister på förädling var också där, men inga representanter från skogsindustrin.

Den främsta slutsatsen från konferensen var ungefär vad vad jag hade förväntat mig, nämligen att kvaliteten på de grangenomversioner som nu släppts är, rent ut sagt, usel. Dessa genomsekvenser kommer att bli viktiga resurser i framtiden, när de hunnit bli mer genomarbetade och kvaliteten har kontrollerats, men detta ligger ännu flera år in i framtiden. Det räcker nämligen inte med att bara läsa av granens DNA. Det kan göras snabbt och enkelt med dagens teknik, även för stora och komplicerade arvsmassor som barrträdens.

Problemet är att när man avläser DNA består resultatet i praktiken av små ”textsnuttar”, där ”texten” ifråga är skriven med ett alfabet som bara innehåller fyra bokstäver: A, T, C och G. Bokstäverna, som kallas för nukleotider eller baser, är förkortningar för molekylerna adenin, tymidin, guanin och cytosin. Man kan likna DNA vid en instruktionsbok som cellerna i en kropp använder för att de ska veta vad de ska göra och hur de ska göra det.

Verkligt exempel på två sekvenser från senaste versionen av poppelgenomet. Kan du hitta skillnaderna? Dessa sekvenser kan vara olika varianter av samma gen eller två olika men närbesläktade gener. Eller så är en (eller båda) helt enkelt fel. Vad tror du?

Med den teknik som genomprojekten använder är dessa ”textsnuttar” för det mesta några hundra nukleotider långa. Arvsmassan hos gran består av ungefär 20 miljarder sådana nukleotider. Småsnuttarna måste alltså pusslas ihop till en sammanhängande sekvens, vilket kallas för en genome assembly (ett sammansatt genom). Detta är ett enormt arbete som kräver en ofantlig datakraft, och för grangenomen har uppgiften hittills visat sig vara omöjlig.

Bioinformatikerna, d.v.s. dataprogrammerarna, som jobbar med detta har hittills lyckats pussla ihop större enheter på några tusen nukleotider, i vissa fall mer än tiotusen. Har man tur lyckas de ibland få med sekvensen för en hel gen i en enda sammanhängande enhet, men det är långt kvar till de miljarder av sammanhängande nukleotider som behövs för att man ska kunna prata om en ”riktig genomsekvens”.

Att pussla ihop genomet är inte ens den svåraste uppgiften. Det är först när man har en sammanhängande sekvens som det verkliga jobbet börjar. Då kan forskarna på allvar börja leta igenom sekvensen, försöka hitta t.ex. gener och markera vad som är vad. Detta, som kallas annotering, är i praktiken ett evighetsarbete, eftersom det alltid går att förbättra annoteringen av en genomsekvens.

Jämförande analyser av barrträdens arvsmassor baserat på dessa tidiga data bör alltså tas med en rejäl nypa salt, vilket inte verkar hindra folk från att kasta sig in i att göra just denna typ av analyser. Det är bättre att vänta på genomsekvenser av bättre kvalitet. Vi blev på konferensen lovade att nästa version av grangenomet kommer redan i höst, och den kommer att vara bättre. Lite oklart hur mycket bättre, men åtminstone bättre än den nuvarande. Så det är värt att leta lite i den nuvarande sekvensen, men man ska akta sig för att dra några slutsatser av vad man hittar där. Som så ofta annars gäller regeln skräp in, skräp ut även i detta fall.

Trots problemen med de nuvarande genomsekvenserna var det riktigt trevligt att tillbringa några dagar med att diskutera barrträd med andra som också är intresserade av dem. Sverige är visserligen ett land där skogsindustrin är väldigt viktig för ekonomin, men det innebär inte att jag brukar träffa särskilt många människor som är intresserade av träd.

Kommer morgondagens bilar att drivas av träd istället för fossil?

Enligt en rapport från Kungl. Vetenskapsakademiens energiutskott skulle Sverige kunna använda skogen för att bli självförsörjande på drivmedel. Vi behöver inte använda fossila bränslen alls. Det förutsätter dock att skogsbruket effektiviseras och att vi ersätter bensin och diesel med metanol (träsprit) och DME (dimetyleter). Båda dessa har tidigare använts som drivmedel i motorer. De är kanske inte jordens mest hälsosamma ämnen, men är sannerligen inte bensin och diesel heller, och de ger i alla fall betydligt renare avgaser. Metanol kan dessutom tillverkas från koldioxid, och koldioxidöverskott är ju för tillfället något vi gärna vill bli av med för klimatets skull. Dessutom kan metanol användas för att lagra energi från t.ex. vindkraftverk. Detta låter ju bra. Varför har vi då fortfarande bensin och diesel i bilarna?

Den mest grundläggande anledningen är naturligtvis att fossila bränslen fortfarande är alltför billiga för att biobränslen ska kunna konkurrera på allvar. Det finns trots allt fortfarande en hel del lättillgänglig olja i världen. Dessutom finns det konkurrerande idéer om vad träden i skogen ska användas till. En effektivisering av skogsbruket skulle i och för sig ge mer råmaterial, men det är inte självklart att ens detta överskott ska användas till att tillverka just drivmedel. Av träd gör man även t.ex. byggmaterial, papper och olika kemiska och biokemiska produkter.

Fungerande testanläggningar finns för att tillverka  biodrivmedel från träd, men ännu finns inga fullskaliga industriella anläggningar. Skogsindustrin behöver i och för sig hitta nya användningsområden för skogen, men det är en långdragen och dyr process att ställa om industriell produktion. Dessutom måste både fordon och infrastruktur anpassas. Kort sagt behövs det en hel del pengar och politisk beslutsamhet om det ska bli något av med det hela. Men visst skulle det vara ett stort steg på vägen mot målet att bli oberoende av fossila bränslen…

Skönheten och odjuret

Björkhängen
Björkhängen

Nog är pollensäsongen igång alltid. Det märks genom att ögonen börjar klia och näsan rinna så fort jag kommer utanför dörren. Alltså borde det finnas aspblommor att samla in till mina experiment. Egentligen vore det bättre att använda blommor från amerikansk jättepoppel för experimenten, men det är lite dåligt med jättepopplar här i krokarna så asp får duga.

I vanliga fall växer det asp var man än vänder sig, men när man behöver få tag i en blommande asp finns de plötsligt ingenstans. Speciellt inte själva blommorna. De irriterande björkarna däremot verkar ha hur mycket blommor (och pollen) som helst.

Även om jag inte hittade några aspblommor på dagens promenad, så hittade jag i alla fall andra fina vårblommor. Blåsippor, vitsippor och snödroppar blommade alla längs den rätt slingriga väg jag gick till mataffären.

 

Vitsippor
Vitsippor
Blåsippor

 

 

 

 

Snödroppar
Snödroppar

Jorden och de som bor i den

Det första många tänker på när de hör ordet jord är smuts. Ja, man blir smutsig av att hantera jord, men det är en smuts vi borde vara tacksamma för, för utan denna bruna smuts får vi gå hungriga. Sedan många tusen år tillbaka hänger vårt samhälles överlevnad på vår tillgång till bra odlingsjord. Men vad är egentligen jord för någonting?

Håkan Wallander har skrivit en hel bok om ämnet: Jord – Funderingar kring grunden för vår tillvaro. Här diskuterar han bland annat vad jord är för någonting och hur den bildas, och vad skillnaden egentligen är mellan bra och dålig odlingsjord. Håkan tar också upp  varför salt är så giftigt när det hamnar i jorden, vilket vore nyttig läsning för de tokdårar som vill salta skidspår i skogen. Fakta blandas med anekdoter, vilket gör att boken känns lättläst trots att den innehåller en hel del vetenskap.

Men boken handlar inte bara om själva jorden, utan minst lika mycket om de organismer som lever i den. Speciellt om mykorrhiza – det livsviktiga samarbetet mellan svampar och växter som är Håkans specialitet. Han förklarar i boken bland annat varför artrikedomen nog inte alls är större i en tropisk regnskog än i en svensk skog, tvärtemot vad som brukar påstås. I alla fall inte om man räknar med de varelser som lever under jorden och inte bara de som lever ovan jord.

Visserligen påstår han att landlevande växter uppstod för ungefär 400 miljoner år sedan, men den lilla missen får man nog förlåta honom. Landlevande växter fanns troligen redan under ordovicium och definitivt under silur, vilket är bra mycket tidigare än 400 miljoner år sedan. Tidigaste direkta fossila bevisen för mykorrhiza däremot är ungefär 400 miljoner år gamla, även om symbiosen troligen är ännu äldre.

Boken tar upp en hel del information som är bra att känna till för de som i olika sammanhang försöker odla växter. Bland annat påpekar han det hejdlösa lurendrejeri som pågår i blomsterhandlarna när det gäller de välfyllda hyllorna med allehanda specialgödningsmedel som påstås vara anpassade för olika växters unika näringsbehov. Vilket då unika näringsbehov? Alla sorters växter behöver i grunden samma näringsämnen för att överleva. Vilka näringsämnen det handlar om kan man slå upp i första bästa lärobok i växtfysiologi.

I och för sig kan proportionerna mellan näringsämnena i marken variera, liksom hur lättillgängliga de är, och växter är olika bra på att kunna hantera detta. De är därför olika bra på att konkurrera om utrymmet i naturen, men odlare tenderar att glömma att detta inte spelar någon roll i rabatten eller i blomkrukan. Där är nämligen den tjänstvilliga människan alltid beredd att kavla upp ärmarna och hugga i med hacka och spade för att hänsynslöst utrota alla tänkbara konkurrenter.

En app för att hjälpa skogen

Många människor släpar med sig sina smartphones ut i skogen. Nu har en amerikansk skogsorganisation hittat på ett sätt att utnyttja detta (aningen underliga) fenomen till något användbart. De håller på att utveckla en app vid namn TreeTaggr för att rapportera sjuka träd. Appen är tänkt att vara tillgänglig för alla och annonseras t.ex. i början av vandringsleder och liknande. Tanken är dels att folk ska bli mer engagerade i de skogar de har omkring sig genom att uppmuntras att notera och rapportera sjuka träd (man får poäng i ett sorts spel för sina observationer), och dels naturligtvis att på ett effektivare sätt samla in data för forskning och naturvård. Appen registrerar var du befinner dig någonstans och skickar denna information tillsammans med foton på trädet och dina beskrivningar av symptomen till en databas som är tillgängliga för t.ex. ansvariga myndigheter och andra organisationer som har med skogen att göra. Nu verkar detta huvudsakligen vara tänkt för nordamerikanska skogar, men tanken är inte så tokig. Kanske skulle det fungera här också?