Märkligheter i Gamla Uppsala

Dagens utflykt gick till Gamla Uppsala, där de s.k. kungshögarna finns. De är gigantiska gravhögar från 500-talet. Tidigare fick man inte gå på kungshögarna då generationer av turister hade eroderat djupa spår i högarna. Nu har de åtminstone delvis restaurerats och man får åter gå på alla högar, fast det står plakat överallt att man ska gå på gräset och inte på stigarna. Det är lättare sagt än gjort, för lutningen är riktigt brant och det blåser ordentligt när man kommit upp på toppen av de större högarna.

Kyrkan i Gamla Uppsala var Sveriges (eller snarare det blivande Sveriges) första domkyrka, fast en stor del av den ursprungliga domkyrkan förstördes i en brand på 1200-talet. I samband med det flyttade ärkebiskopen från dåtidens Uppsala (dagens Gamla Uppsala) till Östra Aros (dagens Uppsala). Dagens kyrka i Gamla Uppsala består av ungefär halva den ursprungliga domkyrkan, och den används fortfarande som kyrka. Delar av väggarna är murade med vanligt tegel, men speciellt på nederdelen av väggarna sitter diverse typer av stenar inmurade. Bland annat sitter där en ca 1000 år gammal runsten. Vissa av stenarna ser, med lite fantasi, rätt roliga ut.

Runsten som sitter inmurad i kyrkväggen.
Runsten som sitter inmurad i kyrkväggen.
Den här stenen ser ut som ett troll.
En sten som ser ut som ett troll.
Denna sten liknar en sköldpadda.
Och en som liknar en sköldpadda.
Ahlgrens bilar är ute och kör på kyrkväggen.
Ahlgrens bilar är ute och kör på kyrkväggen.
Insidan av kyrkan är vackert målad.
Insidan av kyrkan är dekorerad i gammaldags stil.

Det pågår sedan något år tillbaka en stor arkeologisk utgrävning i Gamla Uppsala i det område där de nya järnvägsspåren ska byggas. Mycket av det område som nu grävs ut har varit ”det vanliga folkets” by från järnåldern och in i medeltiden. Under sommaren ger arkeologerna en kort guidad tur varje vardag. Jag var förra året och tittade på när de grävde ut några grophus och ett gravfält. Idag fick vi se spår av en enorm stolprad som verkar ha lett fram till Gamla Uppsala och dessutom rester av bostäder i närheten av det gravfält som grävdes ut förra året. Förra året visade guiden några fynd från gravfältet, men i år fanns det inte så mycket mer än stolphål i marken att titta på. Husen som de gräver ut nu kommer från en period då folk inte verkar ha lämnat så mycket material efter sig, åtminstone inte av den typ som bevaras i jorden.

Guiden visar var stolphålen finns. Stolparna bar upp taket i ett bostadshus under romersk järnålder.
Guiden förklarar hur husen var byggda under den romerska järnåldern. Idag finns det bara kvar kollager från eldhärden och stolphål efter de stolpar som bar upp taket.

När jag senare satt och åt på uteserveringen på Odinsborg kom denna talgoxe och slog sig ner på mitt bord.

En gäst vid bordet.
En gäst vid bordet.
Det var antikloppis i Gamla Uppsala. Kanske var det därför det hängde en kristallkrona i ett träd.
Det var antikloppis i Gamla Uppsala. Kanske var det därför det hängde en kristallkrona i ett träd.
En sak som är märklig med Uppsala är att man hittar övergivna strumpor lite varstans i stan. Här vid järnvägsövergången i Gamla Uppsala. Hur tappar man egentligen en strumpa utan att märka det?
Något som är lite underligt är att man ofta hittar övergivna strumpor lite varstans i stan, som här vid järnvägsövergången i Gamla Uppsala. Hur kan man tappa en strumpa utan att märka det?

En blöt dag i Botaniska trädgården

Köpte ett begagnat makroobjektiv samtidigt som jag köpte kameran. Jag visste att det skulle bli ett favoritobjektiv. Tog med kameran med makroobjektivet till Botaniska trädgården idag. När jag kom dit började det tyvärr att spöregna. Eftersom det var nästan en timme kvar tills både växthuset och caféet skulle öppna tog jag skydd under parasollerna på den stängda uteserveringen och väntade. Medan jag väntade på att tropiska växthuset skulle öppna roade jag mig med att fotografera regndroppar som slog ner på stolsryggarna så att vattnet stänkte åt alla håll.

De första timmarna öste regnet ner.
De första timmarna öste regnet ner.

När växthuset till sist öppnade var jag i paradiset. Ett makroobjektiv är perfekt för att fotografera växter. När jag till slut kom ut igen hade det äntligen slutat regna, så jag passade på att fotografera några av växterna i nytto- och köksväxtlandet också. Där kröp det omkring små djur på flera av växterna, som naturligtvis fick agera fotomodeller.

ErikaGroth130714blomradErikaGroth130714lotusErikaGroth130714blommorpåbladErikaGroth130714rödablommorErikaGroth130714lökErikaGroth130714snigel

Sommar, sol och SEMESTER!

Äntligen semester! Har precis skaffat min första egna systemkamera, så denna semester kommer det att bli mycket fotograferande. Det krävs mycket övning för att lära sig hantera inställningarna på en ny kamera, så de första bilderna blir lite sisådär. Fotograferade igår kväll i Hågadalen, och mitt på dagen i centrala Uppsala idag. Det har varit gassande sol hela dagen, vilket egentligen inte är optimalt för fotografering då bilderna tenderar att bli både för ljusa och för mörka samtidigt. Några bilder blev i alla fall ok…

Promenerande insekt
Promenerande insekt.
Betande häst i kvällssol
Betande häst i kvällssol.
Hågadalen i kvällssol
Hågadalen i kvällssol.
Påklädd cykel
Påklädd cykel.
Gatuvy i Uppsala
Gatuvy i Uppsala.
Snygg spegelbild av fågeln i vattnet
Snygg spegelbild av fågeln i vattnet. Dagens bästa bild!
Gräsand som putsar fjädrarna
Gräsand som putsar fjädrarna.
Bildkvaliteten är inte jättebra, men bilden är så rolig att jag tog med den ändå. Anden ser ut att göra honnör.
Kvaliteten är inte jättebra, men bilden är så rolig att jag tog med den ändå. Gräsanden ser ut att göra honnör!

Kakaduor kan skruva upp skruvar

Att kråkfåglar är väldigt intelligenta har varit känt rätt länge. De är bra på att lösa logiska problem och på att tillverka och använda ändamålsenliga redskap. Kråkan i den här videon böjer spontant pinnen till en krok när den inser att en rak pinne inte fungerar för att lyfta upp belöningen.

Kråkan i denna film använder en serie verktyg för att komma åt sin belöning. Även i detta fall klarade kråkan uppgiften utan att någon visat den hur det ska gå till.

Det är inte bara kråkfåglar som är intelligenta. Här kan du se en video på kakaduorna Dolittle, Pipin och Muppet som lugnt och metodiskt öppnar en serie lås för att komma åt godbitar i en låda. Fågelklor duger uppenbarligen lika bra som skruvmejslar eller fingrar för att skruva loss skruvar. Precis som kråkan i videon ovan har kakaduorna inga problem med att räkna ut i vilken ordning låsen ska öppnas. Studien med kakaduorna publicerades nyligen i PLOS One.

Inte konstigt att fåglar är så förbaskat bra på att stjäla jordgubbar, hur man än försöker hindra dem…

Fladdermöss i sommarnatten

Igår följde jag med på en fladdermusvandring anordnad av Biotopia. Vi tog med oss ultraljudsdetektorer och begav oss ut i Uppsala för att leta fladdermöss. Just denna natt var ovanligt högljudd, för gymnasieeleverna tog studenten och ville naturligtvis fira. I parken vid Biotopia, där vi började utflykten, hittade vi inga fladdermöss. Inte heller i parken vid mitt gamla studenthem. Visserligen hörde vi klickande i ultraljudsdetektorerna, men det var inte från fladdermöss utan från cyklar. Cyklar låter märkligt likt fladdermöss i en ultraljudsdetektor.

Inte förrän vi följt Fyrisån en stund började det åter klicka i detektorerna. Den här gången var det verkligen fladdermöss som klickade. Den första fladdermus min grupp hittade var en vattenfladdermus som cirklade runt, runt över vattnet i Fyrisån. Den såg vi väldigt bra för den flög bara någon meter från oss. Vattenfladdermusens ekopejling lät på frekvensen 45 kHz i detektorerna som ett ganska snabbt knatter. Alldeles i närheten flög även en nordisk fladdermus runt vid en bro över ån. Dess navigationsläte på 30 kHz lät i detektorerna ungefär som när någon hamrar i metall.

Vi hittade ytterligare en nordisk fladdermus en bit därifrån i en liten park nära ån. Dessutom pilade det snabbt förbi något som kan ha varit en dvärgfladdermus högt uppe bland träden. Det smattrade till i detektorerna på 55 kHz när den svischade förbi, men det gick för snabbt för att vi verkligen skulle kunna avgöra vilken art det var. Vattenfladdermus, nordisk fladdermus och kanske en dvärgfladdermus. Det var ett utmärkt resultat för en kort stadspromenad, och alla var nöjda och glada när vi mitt i natten kom tillbaka till museet.

Får jag presentera det köttätande svampdjuret Harpan

Långt nere i havens djup lever de mest osannolika organismer. Bland annat hittar man här köttätande svampdjur. Svampdjur är en ganska primitiv djurform som normalt brukar sitta still på havsbotten och filtrera vatten. Namnet svampdjur kommer av att de är porösa och bra på att suga upp vätska. Uppfinningen av konstgjorda disk- och tvättsvampar inspirerades av svampdjuren, så de har faktiskt haft viss praktiskt betydelse.

Det flesta svampdjur är som sagt fredliga och harmlösa varelser, men det finns undantag från denna norm. Dessa undantag ser dessutom ofta ganska bisarra ut. ”Harpsvampdjuret” (Chondrocladia lyra, the harp sponge) i videon har fått namnet eftersom upptäckarna tyckte att den ser ut som en harpa. Jag tycker mer att den ser ut som en kam, fast med små kulor längst ut på tänderna.

Chondrocladia gigantea (the giant club sponge)
Chondrocladia gigantea (the giant club sponge)

 

En annan vackert köttätande svampdjur är denna färgglada varelse, Chondrocladia gigantea. Fotot är från SERPENT Media Archive. Där anges att fotot är taget på 928m djup i Atlanten utanför Norge. Själva platsen anges som ”Atlantic>Norwegian>Midnattsol”. Midnattsol?!? Kan det möjligen vara så att någon skämtsam norrman har lurats lite med forskarna?

Deep Sea News har också skrivit om köttätande svampdjur. Där kan man hitta referenser till vetenskapliga artiklar om man vill läsa mer om köttätande svampdjur.

My beloved Brontosaurus

Brian Switek är en äkta dinosaurienörd. Hans passion för dinosaurier märks tydligt i hans skrivande, både på hans blogg Laelaps och i boken My beloved Brontosaurus, och gör att ett ämne som skulle kunna vara rätt torrt och tråkigt blir underhållande och spännande. Jag är har onekligen ett stort intresse för det mesta som är gammalt, ju äldre desto bättre, men har aldrig haft samma brinnande intresse som Brian för just dinosaurier. Trots det gillar jag den här boken, och jag håller med Brian om att det kanske viktigaste resultatet av de senaste decenniernas dinosaurieforskning är att dinosaurier nu framstår som betydligt mycket mer intressanta och spännande varelser än de gjort tidigare.

Brians bok handlar både om de dinosaurier som en gång existerade i verkligheten och om de som har blivit ikoner inom populärkulturen. Dessa två grupper är båda fascinerande på sitt sätt, men de har inte så mycket gemensamt. Det är här Brontosaurus kommer in i bilden. Denna stora, klumpiga, dumma, träsklevande best har länge varit en av dinosaurievärldens stora kändisar, och var Brians stora favorit som barn. Han blev därför oerhört besviken när han insåg att Brontosaurus aldrig funnits i verkligheten utan skapades av en felaktig ihopmontering av skelettdelar från olika dinosaurier. Brontosaurus används i boken som en symbol för vår bild av dinosaurier, så som vi ser dem på TV, i museer, som leksaker och i reklamen. Så som vi gärna vill att de ska ha varit också i verkligheten.

Vetenskapens syn på dinosaurier stämmer rätt dåligt med populärkulturens bild av dem. För det första så var långt ifrån alla stora reptiler som levde under trias, jura och krita dinosaurier. Dessutom levde inte alla dinosaurier samtidigt. De dök upp under trias, men i början, under 30 miljoner år eller så, hade de en ganska tillbakadragen roll. Först därefter kom deras storhetstid. Denna varade dubbelt så länge (!) som hela den tid som förflutit sedan det berömda massutdöendet i slutet av krita. Och de var varken dumma eller tröga djur.

Det som finns kvar av dinosaurierna är inte mycket. Fossiliserade ben, fjädrar, fotspår, dynga och, om man har riktigt mycket tur, bon och ägg. Skeletten är sällan hela, utan snarare enstaka ben här och där, vilket gör att det ofta är svårt att veta vilka ben som tillhör vilken sorts dinosaurie (därav Brontosaurus-fiaskot). Trots det lite taskiga utgångsläget har forskarna ändå under de senaste decennierna lyckats lära sig rätt mycket om bland annat dinosauriernas sociala liv, deras fysiologi och till och med deras sjukdomar. Förutom skador så plågades de stackars djuren bland annat av parasiter och cancer, vilket man kan se spår av i skeletten.

Det finns däremot mycket man inte kan utläsa ur dinosaurieskelett. Om dinosaurierna hade läten, och hur de i sådana fall lät, är en sådan sak, vilket naturligtvis inte på något sätt hindrat folk från att försöka (åter)skapa dinosaurieläten. En annan sak som Brian påpekar att man inte kan avgöra från dinosaurieskelett är kön. Enda undantaget är om dinosaurien i fråga var gravid när den dog. Åtminstone vissa dinosaurier tog hand om sina ungar, och det brukar förutsättas att det var honornas uppgift, men det är alltså bara en gissning.

Naturligtvis tar Brian också upp det här med fjädrarna. Alla fakta tyder på att de flesta dinosaurier var fluffiga. Fluffet bestod inte av päls utan av fjädrar. Även allas favoritrovdjur T. rex var fluffig. Detta är ett faktum som tagits emot med stor irritation bland de traditionalister som föredrar de klassiska fjälliga dinosaurierna, som exempelvis Steven Spielberg i hans Jurassic Park-filmer. Till och med Brian erkänner att han har lite svårt för vissa rekonstruktioner av fluffiga dinosaurier. Vetenskapen har till och med kommit på en metod för att avgöra vilken färg dinosauriefjädrar hade, vilket jag tycker är jättehäftigt! Fjädrarna finns naturligtvis kvar hos den enda grupp av dinosaurier som överlevde massutdöendet vid slutet av krita, nämligen fåglarna, fast deras fjädrar är specialanpassade för flygning.

Som traditionen bjuder i amerikansk populärvetenskap har författaren en tendens att upprepa sig, men boken är ändå av hanterbar längd. Inbunden, i lite större pocketstorlek, är texten drygt 200 sidor. Och omslaget, som är en utvikningsbar dubbelsidig affisch, är helt underbart kitschigt och gulligt. Det enda jag egentligen har svårt för i denna bok är Brians besatthet av att i rätt stor detalj beskriva hur han kör till olika museer och utgrävningar. Vad har dessa upprepade utläggningar om bilar och vägar med saken att göra?

Kanske är det klipp och klistrandet som utgör skillnaden

När man säger att en gen ”uttrycks” eller att den ”är aktiv” betyder det att informationen överförs från DNA:t till ett budbärar-RNA (mRNA = messenger RNA) för att sedan översättas till ett protein.

DNA -> mRNA -> Protein

Francis Crick kallade detta för den centrala dogmen inom molekylärbiologin, och detta enkla 1:1:1 förhållande har utgjort grunden för i princip all molekylärbiologi ända sedan dess. Tyvärr är biologi sällan så enkelt i verkligheten, och det gäller även denna process. En gen ger nämligen oftast inte upphov till ett protein, utan till många. Och då menar jag inte bara att det bildas många likadana proteinmolekyler, utan även att en gen faktiskt kan ge upphov till flera olika sorters proteiner.

I eukaryoter och arkéer består gener av exoner och introner. Exonerna är de delar av DNA:t som innehåller själva instruktionerna för hur proteinet ska byggas. Intronerna däremot används inte för att göra proteiner utan klipps bort från mRNA-molekylerna innan dessa är färdigtillverkade. Vad intronerna har där att göra, när de ju ändå bara klipps bort, är inte helt klarlagt. Ibland kan de innehålla information som avgör när och var genen är aktiv, men oftast verkar de inte göra någonting alls.

Saken är den att när intronerna vSplicing_overviewäl har klippts bort kan exonerna klistras ihop igen på flera olika sätt. Detta kallas alternativ splitsning, vilket är en försvenskning av alternative splicing, och illustreras av figuren till vänster (från Wikipedia) där boxarna i pre-mRNA:t är exoner och de tjocka strecken mellan dem är introner. Genom att sätta ihop olika kombinationer av exoner får man två olika mRNA:n och därmed två olika proteiner. Dessutom händer det ibland att inte alla introner verkligen klipps bort, vilket ger ännu fler pusselbitar att leka med. Den mer korrekta varianten av dogmen ska alltså snarare vara:

DNA -> flera olika mRNA:n -> flera olika proteiner

Hittills har forskarna generellt ganska dålig koll på vad detta alternativa splitsande egentligen har för betydelse. De flesta har istället satsat hårt de senaste åren på att mäta och jämföra hur mycket mRNA som bildas från olika gener i alla upptänkliga vävnader av alla möjliga utvecklingsstadier hos mer eller mindre alla organismer man fått tag i. Normalt skiljer forskarna då inte på olika varianter av mRNA från samma gen, utan mäter allihopa tillsammans och kallar det för ”nivån på genaktiviteten”.

Vi har vetat ett bra tag nu att alla ryggradsdjur har ganska lika arvsmassor med ungefär samma gener. Inte heller verkar det finnas några markanta skillnader i nivån på genaktiviteten mellan motsvarande organ i olika sorters ryggradsdjur. I alla fall inte tillräckligt stora skillnader för att kunna förklara varför olika ryggradsdjur faktiskt ser ganska olika ut. Men kanske har man mätt fel saker?

I en artikel som publicerades förra året i Science presenterade 17 st forskare att de upptäckt att det finns tydliga skillnader i alternativ splitsning mellan samma organ i olika ryggradsdjur. De mätte både den alternativa splitsningen och nivån på genaktiviteten i flera olika organ i människa, schimpans, orangutang, makak, mus, pungråtta, näbbdjur, kyckling, ödla och groda. Det visade sig dels att alternativ splitsning var vanligare i primater än i de övriga ryggradsdjuren och dels att den alternativa splitsningen var artberoende snarare än organberoende. Tvärtom mot nivån på genaktiviteten som var organberoende snarare än artberoende. Dessa resultat antyder att vi kanske borde ägna mer tid åt att studera alternativ splitsning och mindre tid åt att mäta mängden av olika geners mRNA om vi vill förstå vad som egentligen skiljer de olika ryggradsdjuren åt. Möjligen gäller också samma sak för växter?

Referens: Barbosa-Morais m.fl. (2012) The Evolutionary Landscape of Alternative Splicing in Vertebrate Species. Science 338, s.1587

Pollineringens historia

Att blommo2009_08020166rnas och insekternas evolution har följts åt och drivit på varandra är ingen nyhet, men hur uppstod detta samarbete? Darwins klassiska teori om naturligt urval fungerar utmärkt för att förklara varför samarbetet mellan blommor och pollinerare fortsatte och utvecklades vidare när det väl uppstått, men förklarar inte hur och när samarbetet uppstod till att börja med.

Naturligt urval innebär i korthet att de individer som är bäst anpassade till sin livsmiljö är mest sannolika att få barn som i sin tur överlever till vuxen ålder och själva blir föräldrar. Naturligt urval är en konsekvens av två saker. Att resurserna inte är oändliga och att olika individer av samma art inte är helt identiska och därmed inte har samma förutsättningar. Dessa två observationer kan verka självklara, men dessa enkla insikter har ofta ignorerats och förnekats av religiösa och ideologiska skäl.

Ofta förutsätts det att insektspollinering var en innovation som uppstod med blommorna. Det stämmer inte. De nakenfröiga växterna har också pollen som behöver föras till fröämnena i honkottarna. Idag är barrträd och ginkgo undantagslöst vindpollinerade, men både kottepalmer och gnetaler är insektspollinerade.

Gnetaler producerar söta pollineringsdroppar både han- och honkottar, vilket lockar pollinerare. Kottepalmer producerar också pollineringsdroppar, men de är inte lika söta. Deras pollinerare äter istället pollen och andra växtdelar. Möjligen lockas insekterna till kottarna av att pollineringsdropparna luktar gott (om man är en insekt). Även barrträd och ginkgo har pollineringsdroppar. De utsöndras från fröämnena och används för att suga in pollen i själva fröämnet och att för att få pollenkornen att gro.

Den äldsta fossila växten med anpassningar som associeras med insektspollinering var en fröormbunke som levde under karbonperioden. Insektspollinering blev dock aldrig något dominerande mode bland fröormbunkar som generellt föredrog vindpollinering. Även under Mesozoikum var kottepalmer och gnetaler insektspollinerade, och under senare delen av perioden dök ju blomväxterna också upp, men under Mesozoikum fanns dessutom insektspollinerade barrträd (specifikt familjen Cheirolepidiaceae) och bennettiter. Bennettiterna var en utdöd grupp av fröväxter som hade tvåkönade kottar och två integument i fröämnena. Eftersom deras kottar påminde en aning om blommor har de ofta kopplas till blomväxternas evolution, men hur det ligger till med den saken är inte avgjort.

De nakenfröiga växterna använde alltså insektspollinering långt innan det fanns några blommor. De använder dessutom åtminstone delvis samma sorts signaler som blommorna för att locka pollinerare. Den uppenbara slutsatsen är därför att blomväxterna sannolikt helt enkelt övertog sina pollinerare från de nakenfröiga växterna. Blommornas insektspollinering var inte alls någon innovation! Blomväxterna övertog och vidareutvecklade ett samarbete som redan var gammalt och väl inarbetat. Att blomväxterna och insekterna sedan tillsammans tagit detta samarbete till helt nya höjder är en annan historia.

Kommentar: Gnetaler är mitt egenpåhittade namn på växter i ordningen Gnetales, vilken idag består av de tre släktena Gnetum, Ephedra och Welwitschia. Så vitt jag vet finns det inget etablerat svenskt namn på ordningen, vilket behövs om man ska kunna prata om fröväxternas evolution på svenska.

Referens: Labandeira m.fl. (2007) Pollination drops, pollen, and insect pollination in Mesozoic gymnosperms. Taxon 56, s. 663 (tips: googlar du lite kan du hitta denna artikel som gratis pdf)

Hur jättebläckfisken blev filmstjärna

En av de mest kända händelserna i vetenskapsvärlden under det senaste året är att forskare för första gången lyckats filma jättebläckfisken i sin naturliga miljö. Jättebläckfisken antogs länge vara ett mytologiskt sagomonster snarare än ett riktigt djur, och ännu idag vet forskarna mycket lite om jättebläckfiskar.

TED berättar Edith Widder hur det gick till när de lyckades filma jättebläckfisken. Och ja, jättebläckfisken är med i videon.