Månad: april 2013

Obama tycker inte att forskning ska vara politiskt styrd

”And I will keep working to make sure that our scientific research does not fall victim to political maneuvers or agendas that in some ways would impact on the integrity of the scientific process.  That’s what’s going to maintain our standards of scientific excellence for years to come.”

Citatet kommer från Barack Obamas tal vid den amerikanska National Academy of Sciences årliga möte igår. Obama betonade i sitt tal att forskarna själva via deras peer-review system är bäst lämpade för att avgöra vilken forskning som ska finansieras. Det ska inte avgöras av politiker. Politiskt styrd forskning är och har alltid varit ett problem. Hoppas Obama tänker leva upp till sina fina ord, och att våra egna politiker lyssnar noga och tar efter honom.

Var är regngudarna när man behöver dem?

Någon som kan några regndanser? Det är antagligen oansvarigt av mig med tanke på alla problem som har varit på sistone med översvämningar, men jag önskar verkligen att det spöregnar i Uppsala imorgon. Skyfall vill jag ha. I flera timmar. I morgon är det nämligen valborg, och valborg i Uppsala är avgjort en helt unik upplevelse, på gott och ont.

När jag flyttade till Uppsala som student älskade jag Uppsalas studentfestivalversion av valborg, om inte annat för att jag tyckte att det var roligt att titta på folkmassorna. Men efter nästan 15 år i staden är valborg en upplevelse som jag är rejält less på. Inget kan hejda valborgsfirandet, men ett rejält skyfall borde i alla fall jaga in alla utom de mest fanatiska fyllona inomhus där jag slipper dem.

Numera tillhör jag den (ganska stora) del av befolkningen som om möjligt flyr stan, eller i alla fall försöker undvika centrum så mycket som möjligt på Valborg. Det brukar vara en gigantisk majbrasa ute vid gravhögarna i Gamla Uppsala. Stor som ett hus! Jag älskar att se den brinna, trots att den gör mig lite nervös. Jag höll nämligen på att börja brinna själv första gången jag var där. Har fortfarande ett smält hål i min vinterjacka efter att en flygande gnista från elden höll på att sätta fyr på den. Synd bara att jag måste åka igenom centrum för att ta mig till elden.

Nature lovar att skärpa sig

Precis som professionella vetenskapsjournalister hämtar jag mycket av de vetenskapliga nyheterna till bloggen från Nature och Science. De är de två högst rankade vetenskapliga tidskrifterna. Däremot läser jag nästan aldrig dessa tidskrifter i min roll som forskare. Där har jag ärligt talat ingen större nytta av dem.

De delar av Nature och Science som läses av forskare är främst skvallersidorna och jobbannonserna. Både Nature och Science driver förstklassiga arbetsförmedlingar för forskare. Även deras sammanfattningsartiklar (s.k. reviews) över olika forskningsområden är ofta bra och användbara. Men de vetenskapliga originalartiklarna är nästan alltid så kortfattade att de i praktiken är närmast värdelösa ur forskarperspektiv.

Det går inte att utläsa från artiklarna vad forskarna faktiskt har gjort, vilket är ett minimikrav för att en artikel ska ha något vetenskapligt värde. Artiklarna är ofta underhållande läsning på samma sätt som en kvällstidning är underhållande, och kan ge spännande idéer, men de innehåller inte tillräckligt med information för att försöken ska kunna upprepas. Resultaten går därför sällan att tillämpa i den egna forskningen vilket gör att de i praktiken är värdelösa.

Men nu går Nature ut offentligt och lovar att bättra sig. Kanske har de till slut insett att ska de i längden kunna behålla sin ställning räcker det inte med att bara förmedla vad som i princip är extra kompakta och krångligt skrivna populärvetenskapliga sammanfattningar av forskningsprojekt med stort nyhetsvärde. Då måste de också klara av att leverera en seriös vetenskaplig tidskrift som faktiskt är användbar för forskare och inte bara för journalister.

Vi får väl se om det ger någon effekt, men det är bra att Nature erkänner problemet och försöker göra en insats för att reda upp den röra de själva i allra högsta grad deltagit i att skapa. Nature har stort inflytande i den vetenskapliga världen. Det finns därför visst hopp om att deras agerande ska smitta av sig även på andra aktörer, så att vetenskapen åter kan börja följa de grundregler som alla forskare och vetenskapsredaktörer egentligen kan men alltför ofta struntar i att följa.

Nature Special: Challenges in irreproducible research

Jag också!

Jag älskar Susan Cains klassiska TED-tal om The Power of Introverts. Jag är inte blyg utan älskar faktiskt att stå på scen och tala inför publik. Men som person är jag ingen utagerande clown utan snarare en bokmal som gillar stillsamma promenader. Jag behöver sällskap och älskar att diskutera och utbyta idéer, men har också ett stort behov av ensamhet, och framför allt så hatar jag verkligen alla dessa påtvingade, meningslösa och korkade grupparbeten som inte har något med att samarbeta mot ett gemensamt mål att göra utan endast utförs för att det är ”fint” att grupparbeta. Om man hellre ägnar sig åt att läsa, skriva och faktiskt lära sig någonting än åt att grupparbeta är man per automatik ”för tystlåten” för skolans smak. Här är äntligen någon som tar min sida!

Vårförberedelser

Nu är balkongmöblerna åter på plats på balkongen och cykeln har släpats upp ur cykelförrådet och fått däcken pumpade. Hittade inte cykeloljan så kedjan får klara sig utan att oljas in. Det går nog bra, det har den klarat förr. Behöver ta cykeln till en verkstad och fixa styret, som fortfarande sitter lite löst. Har inte rätt verktyg för att kunna skruva fast styret själv. Skulle göra det förra året, men av någon anledning blev det aldrig av. Några veckor till så kan man börja ha blommor på balkongen igen. Alla dessa blommor kostar en mindre förmögenhet, men det är det värt.

Där ingen trodde något kunde leva

Mitt examensarbete vid universitetet handlade om arkéer, närmare bestämt om en arkéart som lever i 80-gradig syra i heta källor. Det är en så extrem miljö att det enligt all logik inte borde vara möjligt att överleva där. Jag har fascinerats av dessa bisarra och oerhört tuffa småttingar ända sedan jag som universitetsstudent först hörde talas om dem. Varför hade ingen berättat om dem tidigare?

I många hundra år delade vetenskapsmännen (och de ytterst få vetenskapskvinnorna) in livet i fem riken; djur, växter, svampar, protister (= alla andra eukaryoter) och bakterier. Bakterierna kallades också för prokaryoter eftersom de, till skillnad från eukaryoterna, inte har någon cellkärna. Detta system användes fortfarande när jag var barn, trots att forskarna vid det laget hunnit bli ordentligt skeptiska till denna gamla ”sanning”.

Det var i den moderna molekylärbiologins begynnelse på 1970-talet som Carl Woese upptäckte att vissa celler som ser ut som bakterier i mikroskopet egentligen är något helt annat. I början kallades dessa för ärkebakterier och man tänkte sig att de måste vara någon sorts unik typ av bakterier, men med tiden blev det allt mer uppenbart att de så kallade ärkebakterierna inte alls är några bakterier. De är något helt annat. Och sedan 1990 har forskarna dumpat de fem rikena och övergått till att dela in allt liv på jorden i tre domäner istället: eukaryoter, bakterier och arkéer. Tyvärr tar det ett tag för vetenskapliga revolutioner att nå de svenska skolorna (har den gjort det än?), så där regerade fortfarande de fem rikena under hela 90-talet.

Arkéer finns, precis som bakterier, överallt. Bland annat lever de i de kalla och syrefattiga sedimentlagren på havsbotten. Arkéer är svårstuderade eftersom de ofta trilskas och vägrar växa i laboratoriemiljö. De få arkéer som går att odla brukar ha en metan- eller svavelbaserad ämnesomsättning, men nu har forskare upptäckt att vissa sedimentlevande arkéer istället lever på en proteindiet.

De utsöndrar enzymer som bryter ner proteiner i sedimentet till mindre bitar. Dessa mindre bitar tas sedan upp av arkécellerna genom speciella kanaler i cellmembranet för fortsatt nedbrytning och återanvändning av beståndsdelarna. Proteinerna kommer huvudsakligen från döda organismer och ansamlas i sedimenten där de ingår i en av jordens största reservoarer av organiskt kol. De sedimentlevande arkéernas nedbrytning av proteiner påverkar därför den globala kolcykeln. David Valentine uppskattar att det kan finnas 1000 000 000 000 000 000 000 000 000 arkéer som lever i havssedimenten, så det är knappast någon liten effekt vi pratar om.

Dessutom finns de inte bara i sedimenten ovanpå havsbotten. En annan grupp forskare har letat liv på helt nya ställen och funnit att det lever mikroorganismer, inklusive arkéer, även inne i själva jordskorpan. De har borrat flera hundra meter ner i 3,5 miljoner år gammal jordskorpa av basalt som ligger under sedimentet på havsbotten utanför västra USA. Där, inne i själva jordskorpan, hittade de levande mikroorganismer som verkar ha metan- och svavelbaserad ämnesomsättning. De oceaniska plattorna är den största potentiella livsmiljön på hela jorden, så detta fynd har potentiellt stor betydelse.

Än vet vi inte hur mycket liv som egentligen finns där nere, men det skulle kunna vara det första stora ekosystem på jorden som drivs av kemosyntes snarare än fotosyntes. Vilket är egentligen det vanligaste systemet? På jordytan är livet fotosyntetiskt och använder solenergi för att omvandla koldioxid till organiska molekyler. Kemosyntetiskt liv är helt oberoende av solen och använder istället energi från andra källor. I den varma havsskorpan (temperaturen ligger konstant på ungefär 64°C) frigörs energi när havsvatten tränger in i basalten och reagerar med den, och det är denna energi som verkar utgöra basen för livet där inne.

För att kontrollera att de spår av liv de hittat inne i basalten inte bara var nedbrytningsprodukter från döda organismer försökte de odla proverna på laboratoriet. De växte visserligen mycket långsamt, men de producerade mätbara mängder metan vilket visade att de innehöll levande metanogener. Livet har ännu en gång visat sig klara mer än vi trott. Finns det egentligen någon gräns för var det är möjligt att leva?

Källor:

Mark A. Lever m.fl. (2013) Evidence for Microbial Carbon and Sulfur Cycling in Deeply Buried Ridge Flank Basalt. Science 339, s. 1305. Se också kommentar av Ed Yong (Life found deep under the sea) på Nature News & Comments den 14 mars.

Karen G. Lloyd m.fl. (2013) Predominant archaea in marine sediments degrade detrital proteins. Nature 496, s. 215. Se också kommentar av David L. Valentine (Microbiology: Intraterrestrial lifestyles). Nature 496, s. 176

Carl R. Woese, Otto Kandler och Mark L. Wheelis (1990) Towards a natural system of organisms: Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. PNAS 87, s. 4576

Jorden och de som bor i den

Det första många tänker på när de hör ordet jord är smuts. Ja, man blir smutsig av att hantera jord, men det är en smuts vi borde vara tacksamma för, för utan denna bruna smuts får vi gå hungriga. Sedan många tusen år tillbaka hänger vårt samhälles överlevnad på vår tillgång till bra odlingsjord. Men vad är egentligen jord för någonting?

Håkan Wallander har skrivit en hel bok om ämnet: Jord – Funderingar kring grunden för vår tillvaro. Här diskuterar han bland annat vad jord är för någonting och hur den bildas, och vad skillnaden egentligen är mellan bra och dålig odlingsjord. Håkan tar också upp  varför salt är så giftigt när det hamnar i jorden, vilket vore nyttig läsning för de tokdårar som vill salta skidspår i skogen. Fakta blandas med anekdoter, vilket gör att boken känns lättläst trots att den innehåller en hel del vetenskap.

Men boken handlar inte bara om själva jorden, utan minst lika mycket om de organismer som lever i den. Speciellt om mykorrhiza – det livsviktiga samarbetet mellan svampar och växter som är Håkans specialitet. Han förklarar i boken bland annat varför artrikedomen nog inte alls är större i en tropisk regnskog än i en svensk skog, tvärtemot vad som brukar påstås. I alla fall inte om man räknar med de varelser som lever under jorden och inte bara de som lever ovan jord.

Visserligen påstår han att landlevande växter uppstod för ungefär 400 miljoner år sedan, men den lilla missen får man nog förlåta honom. Landlevande växter fanns troligen redan under ordovicium och definitivt under silur, vilket är bra mycket tidigare än 400 miljoner år sedan. Tidigaste direkta fossila bevisen för mykorrhiza däremot är ungefär 400 miljoner år gamla, även om symbiosen troligen är ännu äldre.

Boken tar upp en hel del information som är bra att känna till för de som i olika sammanhang försöker odla växter. Bland annat påpekar han det hejdlösa lurendrejeri som pågår i blomsterhandlarna när det gäller de välfyllda hyllorna med allehanda specialgödningsmedel som påstås vara anpassade för olika växters unika näringsbehov. Vilket då unika näringsbehov? Alla sorters växter behöver i grunden samma näringsämnen för att överleva. Vilka näringsämnen det handlar om kan man slå upp i första bästa lärobok i växtfysiologi.

I och för sig kan proportionerna mellan näringsämnena i marken variera, liksom hur lättillgängliga de är, och växter är olika bra på att kunna hantera detta. De är därför olika bra på att konkurrera om utrymmet i naturen, men odlare tenderar att glömma att detta inte spelar någon roll i rabatten eller i blomkrukan. Där är nämligen den tjänstvilliga människan alltid beredd att kavla upp ärmarna och hugga i med hacka och spade för att hänsynslöst utrota alla tänkbara konkurrenter.

Tre män i en båt (för att inte tala om hunden)

”Vi kom till Waterloostationen klockan 11.00 och frågade varifrån tåget kl. 11.05 avgick. Naturligtvis visste ingen det: ingen på Waterloo vet någonsin varifrån ett tåg avgår eller, sedan ett tåg avgått, vart det går eller något annat som har med det tåget att göra. Bäraren som tog hand om våra saker trodde, att det skulle avgå från plattform nr 2 under det att en annan bärare, med vilken han diskuterade frågan, hade hört rykten om att det skulle avgå från nr 1. Stationsinspektören, å andra sidan, var övertygad om att det skulle avgå från lokalperrongen.

För att göra slut på diskussionen gick vi en trappa upp och frågade trafikintendenten som påstod, att han just hade mött en karl, som hade sagt att han hade sett det vid plattform nr 3. Vi gick till plattform 3, men tjänstemännen där påstod, att de snarare trodde att det tåget var Southamptonexpressen eller också Windsorlinjen. Men de var säkra på att det inte var Kingstontåget, även om de inte nöjaktigt kunde förklara varför de var så säkra på det.”

De som åkt en hel del tåg under senare år känner nog igen sig. Det är faktiskt svårt att förstå att boken Tre män i en båt (för att inte tala om hunden) av Jerome K. Jerome är mer än 120 år gammal. Den är en märkligt modern och mycket rolig skildring av tre extremt hypokondriska män (och en icke-hypokondrisk hund) som, trots att de aldrig utför något arbete, bestämmer sig för att alla deras problem orsakats av att de är överansträngda. Detta tillstånd botas lämpligen genom en hälsoresa. Eftersom kurorter bedöms vara alldeles för tråkiga och moraliska för deras smak bestämmer sig herrarna för att istället ro (!) längs Themsen i ett par veckor för att få den nödvändiga vilan och miljöombytet. Lite friluftsliv ska tydligen hjälpa mot det mesta har de förstått.

Tyvärr saknar dessa tre män helt talang för att utföra någon som helst sorts arbete. Att trassla upp ett rep för kunna att dra båten, slå upp ett tält, laga mat på spritkök eller  försöka tvätta sina kläder i floden är ju inte så lätt. Speciellt inte för dessa hopplöst opraktiska viktorianska gentlemän. Och deras försök att hitta en ledig säng på en fullbokad turistort, där de börjar med att snobbigt rata det mesta men snart övergår till att desperat försöka tjata till sig vilket utrymme som helst som ligger under ett tak, är synnerligen underhållande.

Jerome börjar boken med att i ett förord försäkra att det som följer inte är något annat än den enkla sanningen och att boken absolut inte är några fantasier utan endast en uppteckning av sådant som hänt i verkligheten. Vilket följs av drygt 200 sidor av träffande iakttagelser av mänskligt beteende, som levereras i form av roliga och ofta ironiska anekdoter. Mycket av komiken bygger på skillnaden mellan människors uppfattning om sig själva och hur de är i verkligheten. Med andra ord, allt det där som kan få en att ilsket fråga sig ”hur kan människor (förutom jag naturligtvis) vara så förbannat dumma?!”. Detta fenomen har alltid varit och kommer alltid att vara oförändrat, vilket gör att det känns som att boken beskriver dagens människor.

”Jag hade på känn att jag gjorde mer än min rimliga del av arbetet under den här turen och mina känslor började bli ganska envetna på just den punkten. Jag har alltid en känsla av att jag får utföra mer arbete än jag borde. Det är inte alls så att jag har någonting emot att arbeta, tro inte det: jag tycker om arbete, det fascinerar mig. Jag kan sitta och titta på det i timtal. […] Men även om jag kräver arbete vill jag i alla fall vara rättvis. Jag begär inte mer än vad som rimligen kommer på min lott.”

Mycket vatten är pest för tågpendlare men fest för kajakpaddlare

2013_0420forsande_kanotslalom0029Vårfloden tillsammans med mycket regn har gjort att det är mycket vatten i Uppsalaområdet nu. Väldigt mycket vatten. I flera dagar har speciellt området norr om Knivsta varit översvämmat, men följden att många tåg har varit inställda och de tåg som gått har varit kraftigt försenade. Att ta sig till och från jobbet har på sistone alltså varit något av en utmaning, speciellt för tålamodet. Och enligt SMHI kommer det att fortsätta på samma vis ett tag framöver. Suck…

Fyrisån som brukar rinna ganska stillsamt genom centrala Uppsala är för tillfället en riktig fors. På vissa ställen är det bara några dm kvar av kanten innan centrala Uppsala 2013_0420forsande_kanotslalom0015blir blöta om fötterna, och restaurangen Tsatsikis uteservering ligger redan under vatten. 2013_0420forsande_kanotslalom0021

Men detta är inte en katastrof för alla. Forsarna gjorde att den tävling som kanotklubben anordnade idag i kajakslalom i praktiken blev en publikfriande och spännande tävling i forsränning istället.2013_0420forsande_kanotslalom0022

Visserligen blev Upplandsmuseet av med någon meter av sitt stuprör, som en övergiv2013_0420forsande_kanotslalom0023en kajak på vift slog av efter att paddlaren fått rädda sig upp på en stege. Men några smällar får man ta. Och till publikens förtjusning blev det många dramatiska eskimåvändningar i forsarna. Fast jag tycker att publiken var rätt tystlåten av sig. Folk hade gärna fått applådera och heja lite mer på paddlarna.

På valbor2013_0420forsande_kanotslalom0027gsmässoafton om några veckor är det tänkt att forsränningen ska gå här. Då kastar sig studenter och företagsrepresentanter nerför fyrisån på utsmyckade frigolitflottar inför en stor publikmassa. Men ska det bli någon forsränning i år måste vattenmängden minska. Annars blir det bara de gula plast2013_0420forsande_kanotslalom0011ankorna som får forsränna. Det har hänt förr…

Skinande sol, vårblommor, vårflod och dödsföraktande forsrännare. Äntligen verkar det vara vår på riktigt. En härlig lördagseftermiddag i april!2013_0420forsande_kanotslalom0010